bioinformatics - blastn を使用して完全一致を確認できますか?

Question

クエリが一致した件名と場所を知る必要があり、この一致は 100% である必要があります。blastall を使用してこれを行う方法はありますか?

ありがとう。

Answer 1

マッピングの精度を 100% に制限することはできませんが、-evalue引数を使用して E 値の厳密性を高めることができます。つまり、非常に小さい E 値を使用します。それに加えて、サブジェクト ID またはアクセッション番号、およびマッピング座標を返すには、次のようなカスタム出力形式を使用できます。

-outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"

これは、8 列の表形式で出力を返しますqacc。およびアラインメントのサブジェクトの開始および終了マッピング座標。呼び出しの例としてすべてをまとめると、次のようになります。saccsseqidevalueqstartqendsstartsendblastn

blastn -query /path/to/myquery.fasta -db /path/to/db -evalue 0.001 -out /path/to/myoutput.tsv -outfmt "6 qacc sacc sseqid evalue qstart qend sstart send"

blastn -helpカスタム出力形式に関するより多くのオプションを提供します。