問題タブ [blast]

私はしたいと思います

1. BLAST いくつかのシーケンス
2. 各クエリから上位 100 件程度のヒットを取得する
3. ダウンロードした配列をプールする
4. 重複を削除

BioPython でこれを行うにはどうすればよいですか?

XGridでBLASTを実行した経験のある人はいますか？

グーグルは、「Xgrid BLAST」と呼ばれるツールが存在したことを明らかにしましたが、どこで入手できるかはわかりません。

BLAST アルゴリズムのようなものを実行して、Unicode 文字列の大規模なデータベースを照会したいと考えています。BLAST のようなアラインメント ソフトウェアのほとんどは、入力としてヌクレオチドまたはタンパク質の文字列を想定しています。しかし、私の入力には任意の Unicode 文字が含まれている可能性があります。これを可能にするソフトウェアを知っている人はいますか? スコアリング マトリックスは、単なる単位マトリックスである可能性があります (部分的な一致はありません)。

Needleman-Wunsch と Smith Waterman を試しましたが、私の目的には遅すぎます。BLAST のように、大規模なデータベースにクエリを実行する必要があります。

ありがとうございました！

BLASTアラインメントの純粋なpython実装を知っている人はいますか? 私はこのアルゴリズムを研究しようとしています...

iPhone プログラミングは初めてで、iPhone から BLAST (バイオインフォマティクス サーバー) URL の API を使用できるようにしたいと考えています。BLAST サーバーにクエリを実行し、いくつかのクエリを作成する非常に単純なアプリケーションを作成したいと思います。BLAST に関する次のドキュメントを見つけました ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/Doc/urlapi.pdf )。

どこから始めればよいかわかりません.. Mac OS X と iOS のセキュリティの概念について、以下を確認しました ( http://developer.apple.com/iphone/library/documentation/Security/Conceptual/Security_Overview/Concepts/ Concepts.html )、CFNetwork ライブラリ ( http://developer.apple.com/iphone/library/documentation/Networking/Conceptual/CFNetwork/Introduction/Introduction.html ) を見つけました。

しかし、私はどこから始めればいいのか本当にわかりません..

理論的には、.mm クラス メソッドから BLAST url API をクエリして (標準 C を使用できるように)、通常のビューで結果を表示したいと考えています。

誰でもこれらの最初のステップで私を導くことができますか?

よろしくお願いします！

Nucleotide BLASTの検索ページで

「Choose Search Set」ボックスにリストされているデータベースをプログラムで取得する方法はありますか? おそらくXML形式ですか？（使用するプログラミング言語は問いません）

一部のロボットコントローラーが、一連の述語で定義する障害状態に到達しないことを証明することに興味があります。それを実現するためのオープンソースソフトウェアツールがあることを私は知っています。たとえば、BLAST（Berkeley Lazy Abstraction Software Verification Tool）について聞いたことがありますが、他に、より簡単に使用できる、および/または特定のアプリケーションを対象としたものを知っていますか？

プロジェクトの1つでBLASTまたは別のそのようなツールを使用したことがありますか。また、そのようなツールを展開するために必要な労力よりもメリットが大きいと思いますか。

現在、商用と非商用のブラスト ツールを探しています。ローカル ブラスト検索に NCBI ブラストを数回使用しましたが、現在は興味深い代替手段を探しています。検索中に、CUDA-Blast、GPU-Blast、WU-Blast、BlastStation2、mpiBlast、Turboblast などの興味深い結果が見つかりました。誰もがそれらのツールで経験したように? または、BlastStation2 など、私が見逃した同様のツールはありますか? 私が見逃した重要な商用または非商用のブラスト ツールはありますか?

本当にありがとうございました。

ありがとう、

ビース

BLAST 結果の上位 10 シーケンスを取得したい (シーケンスのみ、アライメント、スコア、e 値などなし)。5 つの fasta ファイルを含むテキスト ファイルを入力しています。したがって、出力は各 fasta ファイルの上位 10 件のブラスト ヒットになるはずです。したがって、出力ファイルには 50 のシーケンスが含まれます。

Bio.SeqIO を介して各入力 fasta ファイルを読み取り、temp.faa として書き込み、サブプロセスを介してコマンドライン BLAST に次のように渡します。

出力には他にも多くの情報があります。この出力を今解析する必要がありますか、それとももっと良い方法があります。

ありがとう

PS XML は 1 つの方法かもしれませんが、関連する NCBIXML パーサー構文が見つかりませんでした。

SimpleXML を使用して NCBI BLAST XML 出力を読み取ろうとしていますが、一部の出力にはアクセスできますが、他のビットにはアクセスできません。

XML の関連部分を次に示します (読みやすくするために一部の無関係なセグメントを省略しています)。

そして、これが私のコードです（注： $output 変数の設定/使用で愚かな間違いを犯していないことを確認するために、 $qdef と $qlen は異なる方法で到達します）：

出力は次のとおりです。

Iteration_query-def と Iteration_query-len の周りの {''} を削除すると、それらは整数として扱われ、両方に対してゼロが返されます。

私は何か間違ったことをしていますか？BlastOutput_program ビットと他の 2 つの変数の間の {''} 以外に、私が別の方法で行っていることを理解できません。ただし、{''} を BlastOutput_program に追加しても、問題なく動作し、正しい出力が生成されます。どうしたんだ？

更新: 次のように xpath を使用して動作します。

しかし、それが唯一の方法なのか、それとも上記のように行う方法があるのか​​ を知りたいです。