Pandas のドキュメントには、さまざまな形式で保存されたデータを操作するためのベスト プラクティスの例が数多くあります。
ただし、たとえば MySQL などのデータベースを操作するための良い例を見つけることができません。
mysql-pythonを使用してクエリ結果を Pandas のデータ フレームに効率的に変換する方法のリンクを示したり、コード スニペットを提供したりできますか?
Wes が言うように、DBI 互換ライブラリを使用してデータベース接続を取得すると、io/sql の read_sql がそれを行います。MySQLdb
とcx_Oracle
ライブラリを使用して Oracle と MySQL に接続し、それらのデータ ディクショナリにクエリを実行する2 つの短い例を見ることができます。の例を次に示しcx_Oracle
ます。
import pandas as pd
import cx_Oracle
ora_conn = cx_Oracle.connect('your_connection_string')
df_ora = pd.read_sql('select * from user_objects', con=ora_conn)
print 'loaded dataframe from Oracle. # Records: ', len(df_ora)
ora_conn.close()
そして、これは の同等の例ですMySQLdb
:
import MySQLdb
mysql_cn= MySQLdb.connect(host='myhost',
port=3306,user='myusername', passwd='mypassword',
db='information_schema')
df_mysql = pd.read_sql('select * from VIEWS;', con=mysql_cn)
print 'loaded dataframe from MySQL. records:', len(df_mysql)
mysql_cn.close()
この質問の最近の読者向け: pandas には、バージョン 14.0 のドキュメントに次の警告があります。
警告: 既存の関数または関数エイリアスの一部は廃止されており、将来のバージョンでは削除される予定です。これには、tquery、uquery、read_frame、frame_query、write_frame が含まれます。
と:
警告: DBAPI 接続オブジェクトを使用する場合の「mysql」フレーバーのサポートは廃止されました。MySQL は、SQLAlchemy エンジン (GH6900) でさらにサポートされます。
これにより、ここでの回答の多くが時代遅れになります。使用する必要がありますsqlalchemy
:
from sqlalchemy import create_engine
import pandas as pd
engine = create_engine('dialect://user:pass@host:port/schema', echo=False)
f = pd.read_sql_query('SELECT * FROM mytable', engine, index_col = 'ID')
For the record, here is an example using a sqlite database:
import pandas as pd
import sqlite3
with sqlite3.connect("whatever.sqlite") as con:
sql = "SELECT * FROM table_name"
df = pd.read_sql_query(sql, con)
print df.shape
私はSQLAlchemyでクエリを作成し、それから DataFrame を作成することを好みます。SQLAlchemyを使用すると、 SQL条件を Pythonで簡単に組み合わせることができます。
from sqlalchemy.ext.declarative import declarative_base
from sqlalchemy import Table
from sqlalchemy import create_engine
from sqlalchemy.orm import sessionmaker
from pandas import DataFrame
import datetime
# We are connecting to an existing service
engine = create_engine('dialect://user:pwd@host:port/db', echo=False)
Session = sessionmaker(bind=engine)
session = Session()
Base = declarative_base()
# And we want to query an existing table
tablename = Table('tablename',
Base.metadata,
autoload=True,
autoload_with=engine,
schema='ownername')
# These are the "Where" parameters, but I could as easily
# create joins and limit results
us = tablename.c.country_code.in_(['US','MX'])
dc = tablename.c.locn_name.like('%DC%')
dt = tablename.c.arr_date >= datetime.date.today() # Give me convenience or...
q = session.query(tablename).\
filter(us & dc & dt) # That's where the magic happens!!!
def querydb(query):
"""
Function to execute query and return DataFrame.
"""
df = DataFrame(query.all());
df.columns = [x['name'] for x in query.column_descriptions]
return df
querydb(q)
MySQL の例:
import MySQLdb as db
from pandas import DataFrame
from pandas.io.sql import frame_query
database = db.connect('localhost','username','password','database')
data = frame_query("SELECT * FROM data", database)
podbc を使用する Ms SQL サーバーでも同じ構文が機能します。
import pyodbc
import pandas.io.sql as psql
cnxn = pyodbc.connect('DRIVER={SQL Server};SERVER=servername;DATABASE=mydb;UID=username;PWD=password')
cursor = cnxn.cursor()
sql = ("""select * from mytable""")
df = psql.frame_query(sql, cnxn)
cnxn.close()
そして、これが psycopg2 ドライバーを使用して PostgreSQL に接続する方法です (Debian Linux 派生 OS を使用している場合は、「apt-get install python-psycopg2」でインストールします)。
import pandas.io.sql as psql
import psycopg2
conn = psycopg2.connect("dbname='datawarehouse' user='user1' host='localhost' password='uberdba'")
q = """select month_idx, sum(payment) from bi_some_table"""
df3 = psql.frame_query(q, conn)
Sybaseの場合、次のように機能します(http://python-sybase.sourceforge.netを使用)
import pandas.io.sql as psql
import Sybase
df = psql.frame_query("<Query>", con=Sybase.connect("<dsn>", "<user>", "<pwd>"))