タイトルにあるように、1つのプロジェクトから2つの.msiファイルを出力したいと思います（1つはユーザーごと、もう1つはマシンごとです）。このスレッドでは、従来の方法では実行できないことを確認しましたが、ビルド後のある種のハックとして実行する方法があるかもしれません。
Product.wxsコマンドラインを少し変更した元のビルドの後で、コンパイルとリンクを再実行するだけで済みます（実際には、別のファイルのみが必要です）。ただし、ライトとキャンドルのコマンドラインは膨大であり、ハードコーディングするとプロジェクトの保守が困難になるリスクがあります。
したがって、結論として、ビルドコマンドラインを作成するときにVotiveと同じように動作するコマンドラインを作成する方法があるかどうかを知る必要があります（プロジェクト内のすべてのファイルを取得し、それらをリンクし、プロジェクトの依存関係を渡します... ）、ビルド後のみ。
PS：私はまた、Votiveからコマンドライン全体を取得し、Productファイルのみを変更するというアイデアもありました。それも役立つので、誰かがそれを行う方法について提案があれば...