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他に何を試すべきか本当にわからないので、私は純粋な絶望からこのメッセージを投稿しています. 私は bioperl の初心者で、MolQuest fgenesh から取得した結果を解析するスクリプトに取り組んでいます。結果は .txt 形式で出力されます。これらを GFF および fasta ファイルに解析して、mRNA およびタンパク質配列を取得し、他の結果との比較を容易にしたいと考えています。そこで、Bio::Tools::Fgeneshモジュールを見つけ、それを使ってスクリプトを作成しています。問題は、私の ubuntu PC で BioPerl が動作しないように見えることです。

http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_for_Unixの指示に従いました。CPAN を root モードで (そうしないと動作しません)、CPAN 経由で BioPerl をインストールすることができました。すべてのテストは問題ありませんでしたが、このスクリプトを実行してインストールをテストしたところ、

 use strict;
 use warnings;

 use Getopt::Long;
 use Bio::EnsEMBL::Registry;

 my $reg = "Bio::EnsEMBL::Registry";
 $reg->load_registry_from_db(
              -host => "ensembldb.ensembl.org",
              -user => "anonymous"
 );
 my $db_list=$reg->get_all_adaptors();
 my @line;

foreach my $db (@$db_list){
    @line = split ('=',$db);
    print $line[0]."\n";
 }

「@INC で Bio/EnsEMBL/Registry.pm が見つかりません」というエラーが表示されました。

ルートとして実行しているBuild.PLを介してBioPerlを再度インストールしようとしましたが、それでも同じ結果になりました。

助けてくれてありがとう

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EnsemblAPIを使用しようとしているようです。これはBioPerlディストリビューションの一部ではありません。インストール方法の詳細については、 http：//www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.htmlを参照してください。APIは同じリリースで作成されたデータに強く結びついているため、これをデフォルトのPerlライブラリの場所にインストールすることはお勧めしません。Ensemblは年間4〜5のリリースを提供するため、これを維持するのは難しい場合があります。

もう問題がある場合は、開発者に連絡できます。アクティブな開発者向けメーリングリストとヘルプデスクがあります。詳細については、 http：//www.ensembl.org/info/about/contact/index.htmlを参照してください。

于 2012-04-25T19:55:46.520 に答える