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Perl でタンパク質を整列させるために置換行列を使用してSmith-Waterman アルゴリズムを変更するにはどうすればよいですか?

[引用が必要]

multiFASTAファイルを処理して、配列の数、長さ、ヌクレオチド/アミノ酸の含有量などの情報を取得し、説明的なプロットを自動的に描画できるバイオインフォマティクスツールがあるかどうか知りたいと思いました。R BIoconductorソリューションまたはBioPerlモジュールでもかまいませんが、何も見つかりませんでした。

手伝って頂けますか？どうもありがとう ：-）

PerlではIO::ScalarArray、配列の要素をファイルの行のように扱う必要があります。BioPerlには、テキスト行を表す文字列の代わりにオブジェクトBio::SeqIOを読み書きするファイルハンドルを生成できるがあります。Bio::Seqこの2つを組み合わせて実行したいと思いBio::Seqます。そのようなオブジェクトの配列から連続するオブジェクトを読み取るハンドルを取得したいと思います。これを行う方法はありますか？これを行うモジュールを実装するのは簡単でしょうか？

Bio::SeqIOこれが必要な理由は、ハンドルまたはオブジェクトの配列のいずれかを受け入れるサブルーチンを記述できるようにしBio::Seqたいためです。また、取得した入力の種類に基づいて個別のループを記述したくないためです。おそらく、私自身のIOモジュールを作成するよりも、次の方が良いでしょうか？

GFF3 ファイル名と範囲 (つまり、100000 .. 2000000) を取得する Perl 関数を書きたいと思います。この範囲で見つかった遺伝子のすべての名前/アクセスを含む配列への参照を返します。

bioperl を使うのは理にかなっていると思いますが、私はそれを使った経験がほとんどありません。自分で GFF3 を解析するスクリプトを作成できますが、bioperl (または別のパッケージ) の使用がそれほど複雑でない場合は、それらのコードを再利用したいと思います。

使用perlbrewしていますが、最新のbioperlバージョンをインストールしたいと思います。または使用する必要がありますcpanmかgit？

もしgit-私はいつものようにインストールしますか（別名git clone ...、作成してビルドします）、それとも何か特別なことをする必要がありますか？

アップデート

具体的には、BioPerlUsingGitマニュアルの次の専門家を理解しているかどうかわかりません。

perlにBioPerlの場所を教えてください（$ HOME / srcのコードをチェックアウトしたと仮定します。これを.bash_profile、.profile、または.cshrcに設定します）。

なぜこれが必要なのですか？

更新2

bioperl cloned dirをエクスポートするだけでは、すべてのbp_***.plスクリプトに影響するわけではありません（通常、通常のインストール/usr/bin/後に表示されます）。Build

また、を使用して正しいperlバージョンに切り替えた後、クローンディレクトリからビルドしようとしましたが、cpanシェルを実行して、 （とは対照的に）perlbrerwうまく機能しないように見えるいくつかの依存関係をインストールします。perlbrewcpanm

だから、私の質問は残っています...

ありがとう！

私はBioPerlのマニュアルbioperl-liveに従いました： underの新しいコピーを複製し~/src、次の行を自分に追加しました~/.profile（Ubuntuを使用しています）：

ただし、BioPerlモジュールはEclipseでは認識されません。例：

何が恋しいですか？

I'm using Ubuntu 10.04 and Perl 5.10.1. The BioPerl package has some nice scripts, such as bp_genbank2gff3.pl which converts files from genbank format to GFF3 format.

The problem: I get unexpected results when using bp_genbank2gff3.pl: the gene features get "Name=" instead of "locus_tag=" in the last GFF3 column.

A dear BioPerl mailing list member told me he uses the latest BioPerl version from the BioPerl repository and gets the correct result ("locus_tag="). I got a fresh copy, but it didn't work for me. Weird!

Steps to recreate the situation:

Following is a line #8 from my the resulting GFF3:

while this is the same line from my colleague's results:

Note the "Name=" tag in my version (at the end of the line) is replaced by "locus_tag=" in my colleague's I have no idea what is going on here... Same input, presumably same script, but different outputs (the output my colleague gets is the desirable one). We even diffed the scripts (genbank2gff3.PLS) which are identical.

Any ideas? Could anyone see if he gets the same results as I or my colleague?

私の知る限り、Mac では sudo を使用して CPAN を実行する必要があります。

新しいモジュールをインストールします。理論的には、モジュールは Perl フォルダーから削除することで削除できます。

私の質問は次のとおりです。「sudo」を使用して CPAN からインストールした場合と「sudo」を使用せずにインストールした場合、Perl モジュールはどこに配置されますか? 私は両方の方法で BioPerl をインストールしましたが、動作しているように見えました。sudo を使用して、または使用せずにインストールして、何かを台無しにしましたか?

紛らわしいPerlの世界で少し助けてくれてありがとう。

トラブルシューティングと編集のヘルプを探しています。これは宿題です。私の教授はフォーラムの使用を奨励しています。私はまだ Perl 関数や Subs の経験がないので、理解できるように回答を適切なレベルに制限してください。

スクリプトの目的は、DNA の文字列 (または後で追加するコマンド ラインからのファイル) を読み取り、それを RNA に変換してから、タンパク質の値を大文字の 1 文字のアミノ酸名の形式で返すことです。

スクリプトの機能:

1. 最初の文字から 3 文字の「コドン」を取得し、それらに 1 文字のシンボル (ハッシュ テーブルからの大文字の 1 文字のアミノ酸名) を付けます。

2. AUG (「M」) で始まり、UAG、UAA、または UGA で終わる文字列である RNA タンパク質を出力します。

3. ギャップが発生した場合、新しい行が開始され、プロセスが繰り返されます。ギャップは 3 の倍数であると想定できます。

私が知る限りの主な問題：

1. ハッシュ テーブルを介してデータをループさせる場所がわかりません。Foreach ブロックの前後に配置してみました。また、Foreach ブロックを完全に取り除き、While & If を試しました。

2. Foreach ブロックは @all_codons 配列のすべてを処理しておらず、AUG でのみ停止しているようです。

3. 明らかで最大の問題は、何も返さないことです。どこかで $next_codon 値に「false」が割り当てられています。各行を少しずつコメントアウトしようとしました-何かを返した最後の行は My $start で、そこからはすべてfalseです。

スクリプト：

初心者ですが、perl 環境で Bioperl モジュールを使用しようとしています。私の構成は

• Windows Vista/32
• アクティブな Perl 5.10.1
• バイオパール 1.6.1
• パドレとPer Studio 2010 IDE

インストールのガイドラインについては、BioPerlWikiを参照し、PPM メソッドを使用しました。私はそれを正常にインストールしました。

Bioperl が機能しているかどうかを確認するために、次の手順を実行しました。

しかし、次のようにさらにチェックしようとしたとき

その後、エラーが発生しています

私はに行って、c:\perldoc Bio::Perlそれが使用されていることを知っています。さらに、Googleでもエラーを追跡しようとしましたが、何が悪いのかわかりません。

Perl と bioperl もシステム パスにあることを認識しています。私が行ってきた愚かな間違いを誰か指摘してもらえますか?

bioperlメーリングリストにも問い合わせますが、彼らの反応はstackoverflowほど速くないことはわかっています

ありがとうございました