私の場合、Dropbox API を使用しています。現在、キーとシークレットを JSON ファイルに保存しています。これは、gitignore して Github リポジトリから除外できるようにするためですが、明らかに、セキュリティの観点からコードに含めるよりも優れているわけではありません。以前、Python の保護/難読化について多くの質問がありましたが (通常は商業的な理由で)、答えは常に「やめてください。Python はそのためのものではありません」です。
したがって、コードを保護する方法を探しているのではなく、API の詳細を公開せずにアプリを配布できるソリューションを探しているだけです。