あなたは大丈夫なはずです。Java は、クラスパスと呼ばれるものを使用して依存関係を見つけます。開発マシンではクラスパスが異なる場合がありますが、すべての依存関係が本番環境のクラスパスにある限り、すべてが機能するはずです。
ディレクトリ構造の同期に関する問題を回避するための最も一般的な方法は、Maven を使用することです。これにより、すべての依存関係が管理されます (ただし、Maven のプロジェクト記述子である pom.xml を管理する必要があります)。少し厄介な方法は、プロジェクトに依存関係を持たせることですが、多くのプロジェクトに同じ jar を含める必要があり、バージョンの競合などが発生する可能性があります。
小規模なプロジェクトの場合は、依存関係を自分で管理できますが、大規模なプロジェクトでは、(Maven のように) 戦略を練る必要があります。
実行可能な jar に関しては、<jarfile>:\META-INF\MANIFEST.MF の Class-Path エントリが正しいことを確認してください。たとえば、他の jar を参照している場合、それらの jar は本番環境に存在します。たとえば、ourjar.jar
これが MANIFEST.MF のスニペットであると仮定します。
Class-Path: lib/myteamjar.jar
次に、次のディレクトリ構造が配置されていることが期待されます。
lib/myteamjar.jar
ourjar.jar