わかりました、これを行う方法を見つけたと思います。基本的に、WixInstaller ExePackage の子 ExitCode で forceReboot オプションを指定する必要がありました。
<ExePackage Id="WinXp_x86"
Cache="no"
Compressed="no"
PerMachine="yes"
Permanent="yes"
Vital="yes"
InstallCommand="/norestart /passive"
SourceFile="WindowsXP-KB942288-v3-x86.exe"
DownloadUrl="http://download.microsoft.com/download/2/6/1/261fca42-22c0-4f91-9451-0e0f2e08356d/WindowsXP-KB942288-v3-x86.exe"
DetectCondition="WINXP_X86_NEEDS_INSTALLER" >
<ExitCode Behavior="forceReboot" />
</ExePackage>
これにより、マシンを再起動するようにユーザーに正しく指示され、再起動するとブートストラップ インストーラー ウィンドウが再び開きますが、ユーザーは [インストール] ボタンをもう一度クリックする必要があります。これは RC0 (3.6.2803.0) のバグのようですが、最新のソース (3.6.2830.0) では修正されています。最新のソースをビルドして検証しようとしています...