向きの変化を検出すると、アプリが再起動するようです。そうではありません。
ただし、縦向きのみを有効にしています。
log cat を見ると、アプリがまだ計算を行っていることがわかりますが、進行状況ダイアログが消えます。
何が起こっている?
私のマニフェスト ファイルでは、これが私のアクティビティです。
<activity
            android:name=".xxxActivity"
            android:label="@string/app_name"
            android:configChanges="orientation" 
            android:screenOrientation="portrait">
            <intent-filter>
                <action android:name="android.intent.action.MAIN" />
                <category android:name="android.intent.category.LAUNCHER" />
            </intent-filter>
        </activity>