以下を使用して、特定のプロジェクトのリンクフラグを編集できました。
SET_TARGET_PROPERTIES(${target} PROPERTIES LINK_FLAGS "/foo")
しかし、次を使用してコンパイラフラグを編集できないようです:
SET_TARGET_PROPERTIES(${target} PROPERTIES COMPILE_FLAGS "/bar")
Visual Studio プロジェクトを開くと、コマンド ライン オプションの下に「/bar」が見つかりません。「/bar」を実際のフラグに置き換えてみましたが、C/C++ 構成プロパティの下で変更が行われていることがわかりません。