Quite Execution Custom Actionsに関する WiX のドキュメントを参照してください。次のスニペットを試すことができます。実行するコマンドが含まれているため、プロパティ *QXSTAppPool32_Cmd* を微調整する必要がある場合があります。WiX ヘルプのサンプルを質問に合わせただけですが、構文が完全に正しくない可能性があります。
<CustomAction Id="QXSTAppPool32_Cmd" Property="XSTAppPool32"
Value=""[SystemFolder]inetsrv\appcmd" set apppool /apppool.name:"XSTAppPool" /managedPipelineMode:Classic /managedRuntimeVersion:v2.0" Execute="immediate"/>
<CustomAction Id="XSTAppPool32" BinaryKey="WixCA" DllEntry="CAQuietExec"
Execute="deferred" Return="check" Impersonate="no"/>
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<InstallExecuteSequence>
<Custom Action="XSTAppPool32_Cmd" After="CostFinalize"/>
<Custom Action="XSTAppPool32" After="TheActionYouWantItAfter"/>
</InstallExecuteSequence>