http://code.google.com/p/minify/wiki/UriRewritingのドキュメントによると
$min_serveOptions['rewriteCssUris'] = false;
上記を構成ファイルに追加できるはずです。これにより、uriの書き換えが無効になります。無効にしたいのは、必要ないからです。私のcss/jsファイルはすべて1つのフォルダーにあり、ネストされていません。URLを書き換えています。例えば
例:
min_extras/cli/minify.php -o ../../css/all.css ../../css/phppos.css ../../css/menubar.css ../../css/general.css ../../css/popupbox.css ../../css/register.css ../../css/receipt.css ../../css/reports.css ../../css/tables.css ../../css/thickbox.css ../../css/datepicker.css ../../css/editsale.css ../../css/footer.css ../../css/css3.css ../../css/jquery-ui-1.8.14.custom.css ../../css/jquery.loadmask.css ../../css/jquery.ui.all.css ../../css/paginate.css
前:
background-image: url("../images/header/header_empty.png");
後:
background-image:url("s/header/header_empty.png");