Python Ctypes を使用して、公開された (クローズド ソース) C++ ライブラリに接続しようとしています。C++ ベクトル スタイル オブジェクトを構築し、C++ ルーチンを呼び出すために、基本的な C スタイルの関数ラッパーを (試して) 書きました。また、共有ライブラリをロードするための基本的な python スクリプトを (試して) 書きました。次のような C++ ルーチンを呼び出す行を除いて、すべてが機能しています。
*** glibc detected *** python: free(): invalid next size (fast): 0x0000000001e73c00 ***
ここにファイルがあります。残念ながらヘッダーを共有することはできませんが、必要に応じて似たようなものを書くことができるかもしれません...
gaumixmod.cpp:
#include "nr3.h"
#include "cholesky.h"
#include "gaumixmod.h"
extern "C" {
void cGaumixmod(double* D, int Dm, int Dn, double* M, int Mm, int Mn) {
MatDoub ddata(Dm,Dn,*D); // construct Matrix (vector) type
MatDoub mmeans(Mm,Mn,*M); // construct Matrix (vector) type
//XXX test numpy array is coming through as C array and we can rw, checks OK
int i;
// for(i=0;i<Dn*Dm;++i) {
// printf("Address %x : ",(D+i));
// printf("was %f \t" , D[i]);
// D[i]+=1.0;
// printf("now: %f \n" , D[i]);
// }
// check that array D was copied to matrix ddata, and we can r/w
for(i=0;i<Dm*Dn;++i) {
printf("iter %d Address %x : ",i,ddata[i/Dm][i%Dm]);
printf("was %f \t" , ddata[i/Dm][i%Dm]);
ddata[i/Dm][i%Dm]+=1.0;
printf("now: %f \n" ,ddata[i/Dm][i%Dm]);
}
Gaumixmod::Gaumixmod(ddata,mmeans);
//return data from vector to ctypes array C so we can check data returns to python
//via numpy array, checks ok
for(i=0;i<Dm*Dn;++i) {
D[i] = ddata[i/Dm][i%Dm];
}
}
}
goumixmod.py:
import platform,ctypes
import numpy as np
# ------------------------------------------------------------------------
# define correct library from platfrom, assuming 64bit for linux machines
# ------------------------------------------------------------------------
if platform.system()=='Microsoft':
raise Exception('MS not supported.')
elif platform.system()=='Darwin':
libgaumixmod = ctypes.cdll.LoadLibrary("./gaumixmod.so")
elif platform.system()=='Linux':
libgaumixmod = ctypes.cdll.LoadLibrary("./gaumixmod.so")
else:
#hope for the best
libgaumixmod = ctypes.cdll.LoadLibrary("./gaumixmod.so")
# --------------------------------------------------
# define SafeCall
#---------------------------------------------------
def SafeCall(ret):
"""pass, code l8r""
print ret
#---------------------------------------------------
# define arg types and res types of function
# -----------------------------------------------------------------------
_gaumixmod = libgaumixmod.cGaumixmod
_gaumixmod.restype = ctypes.c_int
_gaumixmod.argtypes = [np.ctypeslib.ndpointer(dtype=np.float64,flags='C_CONTIGUOUS'),
ctypes.c_int,
ctypes.c_int,
np.ctypeslib.ndpointer(dtype=np.float64,flags='C_CONTIGUOUS'),
ctypes.c_int,
ctypes.c_int]
def gaumixmod(D,K):
"""Python binding for C++ guassian mixure model code."""
ret = _gaumixmod(D,D.shape[0],D.shape[1],K,K.shape[0],K.shape[1])
SafeCall(ret)
return D,K
D = np.ones((100,100)).astype(np.float64)
K = np.ones((4,1)).astype(np.float64)
print gaumixmod(D,K)
そして、このジャズを次のようにコンパイルします。
g++ -fPIC -c gaumixmod.cpp;
g++ -shared -o gaumixmod.so gaumixmod.o
そして走る
python gaumixmod.py
私の調査によると、このエラーは segFault に似たものであり、Python がその範囲外のメモリに到達しようとしています...これは、C++ 行 Gaumixmod::Gaumixmod() をコメントアウトしているため、理解できない部分です。すべてが機能します。そのルーチンは、Python numpy 配列ではなく、cGaumixmod() 関数でインスタンス化されたベクトルで動作する必要があります。私は C ライブラリーに C の型を何度も使用してきましたが、C++ にはあまり詳しくありません。C++、python、および ctypes の経験がある人がここで洞察/ガイダンスを提供できることを願っています。
ありがとう！