確かに、カスタム URI スキームのリンクはロードされず、WebView からアプリを自動的に起動します。
あなたがする必要があるのは、カスタム WebViewClient を WebView に追加することです:
webView.setWebViewClient(new CustomWebViewClient());
そして、shouldOverrideUrlLoading() に次のコードを含めます。
public boolean shouldOverrideUrlLoading(final WebView webView, final String url) {
if (url.startsWith("my.special.scheme://")) {
final Intent intent = new Intent(Intent.ACTION_VIEW, Uri.parse(url));
// The following flags launch the app outside the current app
intent.setFlags(Intent.FLAG_ACTIVITY_NEW_TASK | Intent.FLAG_ACTIVITY_SINGLE_TOP);
activity.startActivity(intent);
return true;
}
return false;
}