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私たちはC/C++コードを含むRパッケージに取り組んでいるチームです。パッケージは、1台を除くすべてのマシンに正常にインストールできます。これらはすべて同じバージョンのMacOSXを実行します。自分のコンピューター(成功)と同僚のコンピューター(エラー)にパッケージをインストールするためのログファイルを提供しました。このパッケージは、RcppパッケージとGSLライブラリに依存しており、どちらも両方のマシンに正常にインストールされています。

ぼくのコンピュータ

WARNING: ignoring environment value of R_HOME
* installing to library '/Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15'
* installing *source* package 'mrenci' ...
** libs
*** arch - x86_64
/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -DNDEBUG -fopenmp -fopenmp -I/opt/local/include -I"/Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/Rcpp/include"   -fPIC  -pipe -O2 -m64  -c MRMRTree.cc -o MRMRTree.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -DNDEBUG -fopenmp -fopenmp -I/opt/local/include -I"/Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/Rcpp/include"   -fPIC  -pipe -O2 -m64  -c Matrix.cc -o Matrix.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -DNDEBUG -fopenmp -fopenmp -I/opt/local/include -I"/Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/Rcpp/include"   -fPIC  -pipe -O2 -m64  -c MiMBuilder.cc -o MiMBuilder.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -DNDEBUG -fopenmp -fopenmp -I/opt/local/include -I"/Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/Rcpp/include"   -fPIC  -pipe -O2 -m64  -c SymmetricMatrix.cc -o SymmetricMatrix.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -DNDEBUG -fopenmp -fopenmp -I/opt/local/include -I"/Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/Rcpp/include"   -fPIC  -pipe -O2 -m64  -c adaptor.cc -o adaptor.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -DNDEBUG -fopenmp -fopenmp -I/opt/local/include -I"/Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/Rcpp/include"   -fPIC  -pipe -O2 -m64  -c memory.cc -o memory.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -DNDEBUG -fopenmp -fopenmp -I/opt/local/include -I"/Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/Rcpp/include"   -fPIC  -pipe -O2 -m64  -c tools.cc -o tools.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/opt/local/lib -o mrenci.so MRMRTree.o Matrix.o MiMBuilder.o SymmetricMatrix.o adaptor.o memory.o tools.o /Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a -fopenmp -fopenmp -L/opt/local/lib/R/lib/x86_64 -lR
installing to /Users/dejayn/R/x86_64-apple-darwin10.8.0-library/2.15/mrenci/libs/x86_64
** R
** preparing package for lazy loading
** testing if installed package can be loaded

* DONE (mrenci)

同僚のコンピューター

WARNING: ignoring environment value of R_HOME
* installing to library '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library'
* installing *source* package 'mrenci' ...
** libs
*** arch - x86_64
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -fopenmp -I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O2  -c MRMRTree.cc -o MRMRTree.o
MRMRTree.cc: In member function 'double* const MRMRTree::bootstrap(unsigned int)':
MRMRTree.cc:73: warning: iteration variable 'i' is unsigned
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -fopenmp -I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O2  -c Matrix.cc -o Matrix.o
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -fopenmp -I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O2  -c MiMBuilder.cc -o MiMBuilder.o
MiMBuilder.cc: In member function 'Matrix* const MiMBuilder::createMiM(unsigned int*, unsigned int, unsigned int*, unsigned int)':
MiMBuilder.cc:102: warning: iteration variable 'i' is unsigned
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -fopenmp -I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O2  -c SymmetricMatrix.cc -o SymmetricMatrix.o
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -fopenmp -I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O2  -c adaptor.cc -o adaptor.o
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -fopenmp -I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O2  -c memory.cc -o memory.o
g++ -arch x86_64 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/x86_64 -DNDEBUG  -fopenmp -I/usr/local/include -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include"   -fPIC  -g -O2  -c tools.cc -o tools.o
g++ -arch x86_64 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -o mrenci.so MRMRTree.o Matrix.o MiMBuilder.o SymmetricMatrix.o adaptor.o memory.o tools.o /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mrenci/libs/x86_64
** R
** preparing package for lazy loading
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mrenci/libs/x86_64/mrenci.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mrenci/libs/x86_64/mrenci.so, 6): Symbol not found: _GOMP_critical_name_end
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mrenci/libs/x86_64/mrenci.so
  Expected in: flat namespace
 in /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mrenci/libs/x86_64/mrenci.so
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/mrenci'

-arch最初は、同僚のコンピューターにインストールすると、両方のアーキテクチャーのパッケージがコンパイルされ、g++が不明な引数について不平を言いました。ただし、この問題は、単一のアーキテクチャのターゲティングを強制することで軽減されたようx86_64です。これらのエラーの結果として、すべてのコンピューターにRとg++のいくつかのバージョンがインストールされていることにも注意してください。これはリンカーの問題ですか?Rとそのパッケージの両方に同じコンパイラを使用する必要がありますか?私のコンピューターの場合g++-mp-4.5、デフォルトのg ++​​(バージョン4.2)ではなく、明示的に使用を要求したことはなかったので、Rが自動的に検出すると考えました。

これが役立つ場合は、Makevarsに含まれているものを次に示します。

PKG_LIBS=`$(R_HOME)/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()"` $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) -fopenmp
PKG_CPPFLAGS=$(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS) -fopenmp
PKG_CFLAGS=$(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) -fopenmp

フラグは私の$(SHLIB_OPENMP_*FLAGS)コンピューターでのみ定義されているようです。-fopenmpパッケージがすべてのマシンで機能するように、フラグが明示的に追加されました。

誰かが同様の問題を経験しましたか?どんな助けでもいただければ幸いです。

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~/.R/Makevars私の設定に合わせて同僚を変更しました

LDFLAGS=-L/opt/local/lib
CC=/opt/local/bin/gcc-mp-4.5 -std=gnu99
CXX=/opt/local/bin/g++-mp-4.5
CPP=/opt/local/bin/gcc-mp-4.5 -std=gnu99 -E
CXXCPP=/opt/local/bin/g++-mp-4.5 -E
CFLAGS=-pipe -O2 -m64
CXXFLAGS=-pipe -O2 -m64
SHLIB_CXXLD=/opt/local/bin/g++-mp-4.5
SHLIB_CXXLDFLAGS=-dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress
SHLIB_LD=/opt/local/bin/gcc-mp-4.5 -std=gnu99
SHLIB_LDFLAGS=-dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress

さらに、--no-multiarchインストール コマンドの発行時に引数が使用されました。そして今、彼のコンピューターで動作します。

問題は、openMP の使用がコード内でハードワイヤード (チェックなし)clangであり、同時に openMP をサポートしていなかったためでした。私の同僚の R は、Mac ポート経由で gcc を使用しようとしたときに、デフォルト (Xcode) コンパイラを使用してインストールされました。

于 2013-11-28T23:34:53.843 に答える