r - 複数の入力が与えられたR ggplotヒストグラム

Question

私はRで問題に遭遇しました.なぜそれが起こっているのか、そしてそれを修正する方法を誰かが解決できることを望んでいました. 私は R の使用について十分に吟味されておらず、1 行のコードで他の多くの言語よりもはるかに多くのことを実行できることがよくあり、混乱することがあります。問題は、プログラムが最初のファイル入力の後に正しく入力されていないことです。1 つのファイルを入力すると、期待どおりのヒストグラムが表示されます。しかし、残念ながら、複数のファイルが入力されると、それらが結合され、最初のファイルの隣に滑らかになります。各入力ファイルには、独自のスタンドアロンのヒストグラムが必要です。長い投稿で申し訳ありませんが、コードを再現可能にするためにできる限り多くの情報を提供しようとしています (再現可能なコードが苦手なようです)。

コードは次のとおりです。

library("tcltk")
#choose any number of files
File.names<-(tk_choose.files(default="", caption="Choose your files", multi=TRUE, filters=NULL, index=1))
Num.Files<-NROW(File.names)
#read the tables
dat <- lapply(File.names,read.table,header = TRUE)
names(dat) <- paste("f", 1:length(Num.Files), sep="")
#use the 14th columns data
tmp <- stack(lapply(dat,function(x) x[,14]))
#this is where the histogram is made(with percent shown on the y axis)
require(ggplot2)
ggplot(tmp,aes(x = values)) + 
    facet_wrap(~ind) +
    geom_histogram(aes(y=..count../sum(..count..)))
dput(tmp)
dput(dat)
sessionInfo()

ユーザーが選択できるファイルの例を次に示します。

Targ  cov  av_cov  87A_cvg  87Ag  87Agr  87Agr  87A_gra  87A%_1   87A%_3   87A%_5   87A%_10  87A%_20  87A%_30 87A%_40   87A%_50 87A%_75 87A%_100
1:028 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1:296 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1:453 1646  8.11    1646    8.11    7   8   13  100.0   100.0   87.2    32.0    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1:427 1646  8.11    1646    8.11    7   8   13  100.0   100.0   87.2    32.0    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
1:736 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    0.0 0.0
1:514 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    0.0 0.0
1:296 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    0.0 0.0
1:534 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

そしてもう一つ：

Targ  cov  av_cov  87A_cvg  87Ag  87Agr  87Agr  87A_gra  87A%_1   87A%_3   87A%_5   87A%_10  87A%_20  87A%_30 87A%_40   87A%_50 87A%_75 87A%_100
    1:028 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 1.0 0.0 20.0    0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
    1:296 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 20.0    0.0 40.0    0.0 100.0   10.0    50.0    4.0
    1:453 1646  8.11    1646    8.11    7   8   13  100.0   100.0   87.2    32.0    0.0 100.0   4.0 60.0    30.0    20.0
    1:427 1646  8.11    1646    8.11    7   8   13  100.0   100.0   87.2    32.0    0.0 80.0    40.0    60.0    80.0    90.0
    1:736 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    30.0    20.0
    1:514 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    20.0    30.0
    1:296 5105  29.68   5105    29.68   14  29  48  100.0   100.0   100.0   86.0    65.7    49.4    35.5    16.9    20.0    30.0
    1:534 400   0.42    400 0.42    1   1   2   41.8    0.0 40.0    30.0    80.0    70.0    40.0    30.0    30.0    10.0

このコードは 1 つのファイル (これらのヒストグラムは異なる入力ファイルから作成されていますが、画像は得られます) ではうまく機能しますが、複数のファイルでは (数に関係なく) 一致しません: 1 つ:

これは、入力されたファイルごとに 1 つずつ、すべてのヒストグラムがどのように見えるかを願っています。しかし悲しいかな... 複数のファイル:

> dput(tmp)
structure(list(values = c(0, 0, 0, 0, 49.4, 49.4, 49.4, 0), ind = structure(c(1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = "f1", class = "factor")), .Names = c("values", 
"ind"), row.names = c(NA, -8L), class = "data.frame")
> dput(dat)
structure(list(f1 = structure(list(Targ = structure(c(1L, 2L, 
4L, 3L, 7L, 5L, 2L, 6L), .Label = c("1:028", "1:296", "1:427", 
"1:453", "1:514", "1:534", "1:736"), class = "factor"), cov = c(400L, 
400L, 1646L, 1646L, 5105L, 5105L, 5105L, 400L), av_cov = c(0.42, 
0.42, 8.11, 8.11, 29.68, 29.68, 29.68, 0.42), "X87A_cvg", "X87Ag", "X87Agr", "X87Agr.1", "X87A_gra", "X87A._1", "X87A._3", "X87A._5", "X87A._10", "X87A._20", "X87A._30", "X87A._40", 
"X87A._50", "X87A._75", "X87A._100"), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-8L))), .Names = "f1")
> sessionInfo()
R version 2.14.1 (2011-12-22)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
    locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
    attached base packages:
[1] tcltk     stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     
    other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.1
    loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       grid_2.14.1       
 [5] labeling_0.1       MASS_7.3-17        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [9] plyr_1.7.1         proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.1    
[13] scales_0.2.1       stringr_0.6

各ヒストグラムを分離して独立させる方法はありますか? 前もってありがとうステフ

score 4 · Accepted Answer

dat私のシステムで破損したデータフレームが返された場合dat、ベース R とダミーデータを使用した簡単なアプローチを次に示します。

## fake a list of data frames, here, 4, each with two columns
dat <- list(file1 = data.frame(X = runif(20), Y = rnorm(20)),
            file2 = data.frame(X = runif(20), Y = runif(20)),
            file3 = data.frame(X = runif(20),
                               Y = rnorm(20) + rnorm(20, mean = 2, sd = 2)),
            file4 = data.frame(X = runif(20), Y = rnorm(20, mean = 4)))

## extract the second column from each
## (this is the same as your code extracting the 14 column)
tmp <- lapply(dat, `[[`, 2)

今私たちが持っているものを見てください：

R> str(tmp)
List of 4
 $ file1: num [1:20] -1.0225 -0.0302 -0.0987 1.977 0.2579 ...
 $ file2: num [1:20] 0.84583 0.49525 0.12287 0.43929 0.00132 ...
 $ file3: num [1:20] 2.03 5.27 1.57 2.72 1.12 ...
 $ file4: num [1:20] 4.54 4.08 4.28 4.48 6.36 ...

の最初の成分をプロットしてみてくださいtmp:

hist(tmp[[1]])

OK、それでうまくいきます。これで、すべてのコンポーネントをプロットできることがわかりました。これを行うには、いくつかの方法があります。

layout(matrix(1:4, ncol = 2))
for(p in seq_along(tmp)) {
    hist(tmp[[p]])
}
layout(1)

またはlapply()、私たちのためにループを行うために使用します

layout(matrix(1:4, ncol = 2))
lapply(tmp, function(x) {hist(x); invisible()})
layout(1)

どちらも次のようなものを生成します。

ヒストグラムの行列

明らかに、プロット軸のラベルとタイトルをより適切に調整できますが、それは読者の演習として残します。

score 0 · Accepted Answer

を使用しているからですfacet_wrap()。入力ごとに 1 つのプロットが必要な場合は、ループを作成する必要があります

library("tcltk")
#choose any number of files
File.names<-(tk_choose.files(default="", caption="Choose your files", multi=TRUE, filters=NULL, index=1))
Num.Files<-NROW(File.names)
#read the tables
dat <- lapply(File.names,read.table,header = TRUE)
names(dat) <- paste("f", 1:length(Num.Files), sep="")
#use the 14th columns data
tmp <- stack(lapply(dat,function(x) x[,14]))
#this is where the histogram is made(with percent shown on the y axis)
gHist <- function(df){
   require(ggplot2)
   # New page so it doesn't overplot previous graphs
   grid.newpage()
   ggplot(df,aes(x = values)) + 
      geom_histogram(aes(y=..count../sum(..count..)))+
      # Add a tible
      opts(title = unique(df$ind))
}
# Split gives a list of the data.frame splited by ind
# Then lapply will cycle through the list and
# apply the function to each piece
lapply(split(tmp, tmp$ind), gHist)

あなたは1つのプロットだけのデータしか提供しなかったので、私は1つだけ作成しました. dput(dat)そしてRは壊れていると不平を言います。

ここに画像の説明を入力

r - 複数の入力が与えられたR ggplotヒストグラム

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