ビルド プラットフォームに関係なく、出力ウィンドウで 1 種類の行区切り文字 (\n) しか使用されないという NetBeans の問題が発生しています。
私はWindowsマシンを使用しており、特にWindowsマシン用に構築しています。私が知る限り、\r\n は Windows のデフォルトの行区切り記号であり、Java ランタイム環境 (Windows コンソールからプログラムを実行するとき) はそれを尊重しているようです。ただし、netbeans は、デバッグ時に出力ウィンドウの行区切り記号として \n を明示的に使用しているように見えるため、スキャナーの行として \r\n (または System.getProperty("line.separator")) を使用します。区切り文字は、何かを入力する必要がある場合には役に立ちません。
プログラムを公開する前に定数を変更することを忘れないようにする以外に、何ができますか? この場合、NetBeans は明らかに System.setProperty を無視し、NetBeans は出力ウィンドウで使用される行区切りの変更をサポートしていないようです。
(同様の質問、 Netbeans で使用される行末を変更する方法は有望に思えましたが、netbeans-J-Dline.separator=CRLFへの起動引数として提供しても出力ウィンドウには影響せず、行末の表示と変更プラグインはファイルにのみ影響します)。