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Iam は R にかなり慣れていないため、いくつかのチュートリアルを実行しましたが、インデックス作成に問題があります。

      unique.et.                                            pBH
1     AFFX-r2-P1-cre-5_at                                   1.646105e-14
2     AFFX-r2-P1-cre-3_at                                   1.752547e-14
3     AFFX-r2-Ec-bioD-5_at                                  2.426254e-14
127            267584_at                                    1.820809e-14
149            267562_at                                    1.646105e-14
200            267511_at                                    1.880226e-14

以下は、信号強度値を取得するために、重要な p 値を持つプローブのみを抽出する必要がある元のマトリックスです。

AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304 12.16271
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271

したがって、p 値が 1.646105e-14 の AFFX-r2-P1-cre-5_at という名前のプローブを考えると、強度値とともに他のプローブのリストから同じプローブを抽出する必要があります。やってみましたができませんでした。

また、コンセプトを理解できるように、明確な例を含むチュートリアルがあるかどうかを皆さんに尋ねたいと思います。

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#data.frame with significant cases
df1 <- read.table(text="      unique.et.                                            pBH
1     AFFX-r2-P1-cre-5_at                                   1.646105e-14
2     AFFX-r2-P1-cre-3_at                                   1.752547e-14
3     AFFX-r2-Ec-bioD-5_at                                  2.426254e-14
127            267584_at                                    1.820809e-14
149            267562_at                                    1.646105e-14
200            267511_at                                    1.880226e-14",header=T,stringsAsFactors=FALSE)

#all data
df2 <- read.table(text="AFFX-r2-P1-cre-2_at 12.16271 12.70304 12.16271 12.70304 12.16271
AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271",header=F,stringsAsFactors=FALSE)

#select cases of df2 that occur in df1
df2[df2$V1 %in% df1$unique.et,]
#                   V1       V2       V3       V4       V5       V6
#2 AFFX-r2-P1-cre-3_at 12.70304 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304
#3 AFFX-r2-P1-cre-5_at 12.28280 12.35039 12.38397 12.36304 12.16271
于 2012-08-14T07:39:36.233 に答える