r - rの距離のdata.frameを使用して「不均一な」距離行列を作成する

Question

ヒート マップの作成に使用したい距離の data.frame があります。そのためには、最初に data.frame から距離オブジェクトを作成する必要があります。私のdata.frameは「不均一」です。つまり、あるサイトの2つの種を別のサイトの3つの種と比較しています:

 df<-data.frame("Sp1"=rep(c("a","b","c"),2),"Sp2"=c(rep("d",3),rep("e",3)),"Dist"=1:6)

  Sp1 Sp2 Dist
1   a   d    1
2   b   d    2
3   c   d    3
4   a   e    4
5   b   e    5
6   c   e    6

以前の回答を適応させようとしましたが、うまくいかないようです。距離マトリックスは不均一になります。つまり、3x2マトリックスです

 dij2 <- with(df, Dist)

 names <- with(df, unique(c(as.character("Sp1"), as.character("Sp2"))))

 dij3 <- with(df, structure(Dist,
                        Size = length(names),
                        Labels = names,
                        Diag = FALSE,
                        Upper = TRUE,
                       method = "user",
                        class = "dist"))

この件に関して何かアドバイスがあればよろしくお願いします