MonoDevelop のコンパイラを .NET ではなく Mono ツールに切り替えるのは非常に簡単に見えます。IDE の設定で別のフレームワークを選択するだけです。
しかし、Mono に切り替えてプロジェクトを Mono ツールでコンパイルすると、Android 用の Mono は使用可能なフレームワークではなくなったように見えます (つまり、Android プロジェクトでの Mono への参照が赤くなります)。明らかに、 Android.XXX.YYY is not a class or namespace name などの大量のエラーでビルドが失敗します。
Windows マシンに Android 用の Mono をインストールして、Mono ツールで使用し、Mono で実行されている Monodevelop から使用できるようにする方法はありますか?