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特定の SNP と定量的表現型の間の遺伝的関連をシミュレートするために利用できる最良の方法または最良のパッケージを探しています。シミュレートされたデータは、原因となるバリアントを知っていることを除いて、私の実際のデータに最も似ています。Rで見たパッケージはどれも血統データや、合体などの進化要因が特定された個体群データに特化しているようですが、個体群遺伝学の経験はなく、ヨーロッパの単純なケースをシミュレートしたいだけです。私の実際のデータと同様の特性を持つ集団 (つまり、形質の正規分布と遺伝子型の相加効果、類似の対立遺伝子頻度など) たとえば、私の遺伝子データが X で、量的変数が Y の場合:

X <-rbinom(1000,2,0.4)
Y <- rnorm(1000,1,0.4)

対立遺伝子頻度の範囲、表現型の範囲を指定し、遺伝子型に関連する特定のバリアントを指定する必要がある Plink の関数に似たものを R で探しています (これは重要です。異なるデータセットでこれらの関連付けを繰り返し、因果バリアントは同じです)

誰か助けてくれませんか？

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遺伝子型が表現型の平均のみを変更する場合、これは非常に簡単です。

phenotype.means <- c(5, 15, 20)  # phenotype means for genotypes 0, 1, and 2
phenotype.sd <- 5
X <- rbinom(1000,2,0.4)
Y <- rnorm(1000, phenotype.means[X], phenotype.sd)

これによりY、1000個の通常分布変数が含まれるようになります。ホモ接合性劣性遺伝子型（aa、または0）の平均は5、ヘテロ接合型遺伝子型（Aa、または1）の平均は15、ホモ接合性優性遺伝子型の変数は平均15です。 （AA、または2）の平均は20になります。

より伝統的な2設定表現型（AA/Aa対aa）が必要な場合は、のphenotype.meansようなものに設定してc(5, 20, 20)ください。

于 2012-09-03T07:20:36.883 に答える