タイムアウトを設定するだけです。
var tim;//global, I'll provide a (more complex) solution that doesn't need them, too
function loadPopupBox() {   // to load the Popupbox 
    $('#popup_box').fadeIn("slow");
    tim = setTimeout(function()
    {
        $('#popup_box').click();
    },30000);
}
$('#popupBoxAccept').click( function() {            
    clearTimeout(tim);
});
現在、EVILグローバル変数を使用せずに:
$(document).ready(function()
{
    (function(popup,accept,decline)
    {
        popup.fadeIn("slow");
        var tim = setTimeout(function()
        {
            accept.click();//<-- access to reference is preserved
        },30000);
        accept.click(function()
        {
            clearTimeout(tim);
            //do accept stuff
        });
        decline.click(function()
        {
            clearTimeout(tim);//<-- need that here, too!
            //do decline stuff
        });
    })($('#popup_box'),$('#popupBoxAccept'),$('#popupBoxDecline'));
    //pass all 3 elements as argument --> less typing, and is more efficient:
    //the DOM is only searched once for each element
});
なぜこれが便利なのですか?var timシンプル:タイムアウトへの参照を失うことなく、別のコンテキストで使用できるようになりました。クロージャ、名前はそれをすべて言います:すべての変数と参照は同じスコープにきちんとバンドルされており、アクセスすることはできませんが、スコープ内から宣言されています:
var foo = (function()
{
    var invisible = 'Now you see me';
    return function()
    {
        return invisible;
    }
};
console.log(invisible);//<-- undefined
var invisible = 'Now you don\'t';
console.log(foo());//<-- Now you see me
console.log(invisible);//Now you don\'t