biopython - Biopython ファイルが見つかりません

Question

Python プロンプトから qblast を実行しようとしていますが、必要なすべてのライブラリをインポートした後、Python でファイルが見つかりません。

>>> record = SeqIO.read(open("sinchimeras_1.fasta"), format="fasta")
Traceback (most recent call last):
File "<stdin>", line 1, in <module>
IOError: [Errno 2] No such file or directory: 'sinchimeras_1.fasta'

ファイルのすべてのルート (「/Users/imac...」) を書き留めて、ファイルを Python フォルダーと Biopython フォルダーに移動しようとしましたが、同じメッセージが表示されます。

ファイルをどこに保存すればよいですか? 私は何を間違っていますか？

Answer 1

そのファイルを作業ディレクトリに移動するか、絶対パスを使用する必要があります。

この問題は Biopython とは無関係です。IOError は から来ていopen("sinchimeras_1.fasta")ます。

説明

Python に相対パス "sinchimeras_1.fasta" を指定すると、現在のディレクトリでそのようなファイルが検索されます。そのため、Fasta ファイルを Python/Biopython フォルダーに移動する代わりに、作業ディレクトリにあることを確認してください (os.getcwd()役立つ場合があります)。

または、「sinchimeras_1.fasta」の代わりにファイルへの絶対パスを指定することもできます (例: open("/Users/imac.../sinchimeras_1.fasta"))。