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RCytoscape パッケージを使用して、ネットワークを R から cytoscape にエクスポートしてみました。ドキュメントに従おうとしましたが、失敗しました。以下は、私が使用したコマンドです。

data(liver.toxicity)
X <- liver.toxicity$gene
Y <- liver.toxicity$clinic
toxicity.spls <- spls(X, Y, ncomp = 3, keepX = c(50, 50, 50), keepY = c(10, 10, 10))
result<-network(toxicity.spls, comp = 1:3, threshold = 0.8, 
 X.names = NULL, Y.names = NULL, keep.var = TRUE,
 color.node = c("mistyrose", "lightcyan"),
  shape.node = c("rectangle", "circle"),
  color.edge = c("red", "blue"),
   lty.edge = c("solid", "solid"), lwd.edge = c(1, 1), 
   show.edge.labels = FALSE, interactive = FALSE)
  library(RCytoscape)
  cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=makeSimpleGraph())
  displayGraph (cw)

42 個の頂点と 78 個のエッジをインポートする代わりに、ドキュメントに示されている 3 つのエッジとノードをインポートするだけです。私は間違いを犯していることに気づいていません。

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「結果」がグラフの場合、これは機能するはずです：

cw <- CytoscapeWindow ("result", graph=result);
displayGraph (cw)

あなたのコードの現在の形式では、間違いやすいです! -- RCy デモ メソッド 'makeSimpleGraph ()' によって作成されたデモ グラフを表示するように RCytoscpe に要求しています。

ちょっとした手間を省くために、私にも尋ねさせてください。あなたのネットワーク関数はgraphNELを返しますか?

graphNEL の作成方法について不明な点がある場合はmakeSimpleGraph、R プロンプトで単純に入力すると、ノード、エッジ、および属性を含む、graphNEL の作成に使用されるすべてのコードが表示されます。

わかる？さらに問題が発生した場合はお知らせください。

于 2012-09-17T16:29:36.130 に答える