問題タブ [cytoscape]

遺伝子マップの生成には Cytoscape Web を使用しています。描画するには文字列が必要で、私は XGMML ファイルを持っているので、JQuery を使用して XGMML ファイルを取得し、それらを文字列に変換しました。ここに私のコードピースがあります:

IE では問題なく動作しますが、他のブラウザを試しても何も得られません。alert(data);を介して何が問題なのかを理解しようとしました。IE を除くすべてのブラウザで空の警告ボックスが表示されます。

何か案は？

networkxを使用してグラフのレイアウトを生成したいと思います。このレイアウトをcytoscapeに転送してそこに描画することは可能ですか？単純にグラフを書いてみました

しかし、これらはどちらもサイトスケープでは読み取られません。位置を含めることができる形式でグラフを転送する方法がわかりません。

私は経験豊富なプログラマーではないということから始めましょう。さもなければ言及をスキップする可能性のあるステップを完全に指定できれば幸いです。

私は現在、Cytoscapeのプラグイン開発の初期段階にあり、EclipseでJavaプロジェクトを作成し、次のことを行いました。

1. 外部ライブラリとしてcytoscape.jarを追加しました

2. 「プログラム引数」の下の「引数」タブに「-pC：\ Program Files \ Cytoscape_v2.8.1\plugins」を追加しました

プラグインを実行しようとすると、cytoscapeがロードされますが、プラグインがインストールされていません（プラグインマネージャーに0個のプラグイン）さらに、メニューオプションが削減されています（特定のファイルをインポートできません。オプションはもうありません）

外部ライブラリとしてより多くのjarファイルを含める必要があるためだと思いますが、どれがどれかわかりません。

EclipseIndigoとCytoscape2.8.1を使用しています。

既存のプラグインのソースコードをテストプラグインとして使用しているので、プラグインコードに問題はないと思います。

ご理解とご協力をよろしくお願いいたします。

Sudipto

PS：私はすでに以下を見てあまり成功していません http://cytoscape.wodaklab.org/wiki/SettingUpEclipseForPluginDevelopment

これまで、graphvizのノード「label」、「URL」（または「href」）、「tooltip」属性を使用して、ノードにテキストラベルが付いたSVGグラフィックを生成し、マウスオーバーでツールチップを表示してノードをクリックしました。 （ブラウザがsvgを表示していると仮定して）URLターゲットに移動します（これらの文字列はすべて異なる場合があります）。

今、私はCytoscapeで同じ種類のものを生成しようとしています。svgのエクスポートはうまく機能しますが、ノードの外部URLへのリンクは、すべてCytoscapeの「リンクアウト」機能と結びついているようです。これは実際にCytoscapeを使用している間は非常に強力に見えますが、エクスポートされたSVGでクリック可能なノードまたはラベル（どちらかを選択します）を生成する方法があるかどうかはわかりません。リンクしたいURLは、インポートしたグラフのノード属性です。

エクスポートされたSVGにリンクを作成するCytoscapeに欠けているものはありますか？代替アプローチの提案はありますか？たとえば、ラベルを任意のHTMLにする方法（<a href=...>...</a>？

私の「プランB」は、エクスポートされたSVGを後処理することですが、Cytoscapeにすべてを実行させる方がよいでしょう。

私はlxml（2.2.8）を使用して、いくつかのXML（具体的にはXGMML）を作成および書き出しています。それを読んでいるアプリは明らかにかなりうるさく、トップレベルの要素を見たいと思っています：

xmlns:これらの属性をlxmlで設定するにはどうすればよいですか？明らかなことを試してみれば

lxmlはValueError: Invalid attribute name u'xmlns:dc'

私は過去にXMLとlxmlを単純なものにかなりの量使用しましたが、これまでのところ、名前空間について何も知る必要がないように管理しました。

ノードの属性の1つで引用符で囲まれたテキストを使用しようとしています。

次に、各ノードのリスナーを作成します。

しかし、引用符で囲まれたテキストのあるノードをクリックすると、「予期しないトークンILLEGAL」エラーが発生します。そこで見積もりをどのように選別すればよいですか？

私はRに比較的慣れておらず、次の問題を解決しようとしています:

私は R の 32 ビット バージョンを搭載した Windows 7 Enterprise プラットフォームで作業しており、マシンには約 3GB の RAM があります。現在、SQL データベースに格納されている大規模なソーシャル ネットワーク データ (約 7,000 の頂点と約 30,000 のエッジ) があります。このデータ (頂点とエッジの属性を省略) を R データフレームにプルし、次に igraph オブジェクトにプルすることができました。さらなる分析と視覚化のために、RCytoscape を使用してこの igraph を Cytoscape にプッシュしたいと思います。RCytoscape はこのオブジェクト タイプでうまく機能するように見えるので、現在、私のアプローチは igraph オブジェクトを graphNEL オブジェクトに変換することです。(igraph プロット関数は非常に遅く、それ以上の分析機能がありません。)

残念ながら、このスクリプトを実行すると、常にメモリの問題が発生します。ただし、以前は小規模なネットワークで機能していました。

この問題を解決する方法を知っている人はいますか? または、R とうまく連携し、そのような大規模なデータを処理できる他の視覚化および分析ツールをお勧めできますか?

どんな助けでも大歓迎です。よろしくお願いします！

ベスト、イグナシオ

RCytoscape パッケージを使用して、ネットワークを R から cytoscape にエクスポートしてみました。ドキュメントに従おうとしましたが、失敗しました。以下は、私が使用したコマンドです。

42 個の頂点と 78 個のエッジをインポートする代わりに、ドキュメントに示されている 3 つのエッジとノードをインポートするだけです。私は間違いを犯していることに気づいていません。

次の問題があります

WGCNA - http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/htdocs/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/

セクション 1.6、外部ソフトウェアへのネットワークのエクスポート (Cytoscape) に取り組んでいます。

現在、一連の遺伝子に対して WGCNA を実行しようとしていますが、各モジュールの上位 x ハブ遺伝子を取得するのに問題があります。ネットワークを Cytoscape にエクスポートしようとしていますが、VisANT にエクスポートするために概説したのと同じ方法を使用して、トップ x ハブ遺伝子を取得しました。

各遺伝子への接続数をカウントする短いループを作成しましたが、期待どおりに機能しますが、x 番目の遺伝子には一貫して接続がありません。x が 30 だとしましょう。カットオフを 31 のハブ遺伝子に増やすと、30 番目の遺伝子はネットワーク内の他の遺伝子との接続を示しますが、31 番目の遺伝子は何も示しません。さらに、この変更により、ネットワーク内の他の遺伝子への接続数の一部が増加および減少します。ネットワークは 1 つの遺伝子によって大きくなり、変更は 30 番目の遺伝子によって説明される必要があるため、接続を追加する必要があるため、これは本当に気になりますが、これは出力には当てはまりません。

ループは想定通りに動いているようですので、ネットワークの構築に問題があるのではないかと考えています。私は現在、線形代数、行列、およびトポロジーについて知っていることを参照して、問題がソートされている方法またはそのようなものであるかどうかを確認しようとしていますが、 exportNetworkToCytoscape() 関数の方法にすぎない可能性があります動作します。

それぞれ異なるネットワークを指定する ~100 個の *.xgmml ファイルがあります。これらの入力ファイルごとに Cytoscape を介して PNG 画像ファイルを生成するプロセスを自動化するにはどうすればよいですか?

(Cytoscape コマンドライン オプションには、ファイルをロードするためのオプションがいくつか含まれていますが、ネットワークをイメージ ファイルとしてエクスポートするためのオプションは見当たりません。)