私が試してみました
$output = null;
exec('python hyp.py' $output);
echo var_export($output, TRUE);
と
var_dump($output);
どちらも完全に機能しています。私が得る出力は
array(0 => 'first line output', 1 => 'second line output',)
出力の各行の間に配列と矢印を表示せずにPythonファイルを出力する方法が必要です。