パッケージlimmaは、マイクロアレイを読み取るための最良のパッケージの1つであり、最近ではRNA-seqの実験結果や、正規化、線形モデルの適合、上位の差次的発現遺伝子の検出、プロットの作成などの他のプロセスを実行するためのパッケージです。
イルミナの結果を読み取るための関数に小さな問題read.ilmn()
があります。いくつかの注釈列があるとします。つまり、ENTREZ_GENE_ID、REFSEQ_IDなどです。これらの列は、後で分析するために、式の列(PROBE_ID、SYMBOL、AVG_Signal、Detection.Pval)に加えて読み取る必要があります。
これらの列の名前を、これらの列も読み取るようにこのコマンドに通知する引数として渡そうとしましたがannotation
、失敗しました。最後に、コマンドでこれらの列を個別に読み取り、手動で結果とマージする必要がありました。other.columns
read.ilmn()
read.ilmn()
read.table()
read.ilmn()
ミッションを実行するためのより良い方法はありますか?