最初の段落で 2 つの質問をしているようです。
1 つ目は、GNU autotools ツールチェーンにテストを追加することです。ただし、私の理解が正しければ、これらのテストは、アプリケーションのビルドに必要な環境 (依存するライブラリとツール) が存在することを検証することと、ビルドを次のように適合させることの両方を目的としています。環境 (プラットフォーム固有の違い)。
2 つ目は、C++ アプリケーションの単体テストと、それらのテストをどこで呼び出すかについてです。おそらく configure スクリプトから、autotools ツール チェーンからそうすることを提案しました。ただし、これは従来の方法ではありません。「テスト」ターゲットを Makefile に入れることは、テスト スイートを実行するより従来の方法です。autotools を使用してアプリケーションをビルドおよびインストールするための一般的な手順 (開発者の視点ではなく、少なくともユーザーの視点から) は、configure スクリプトを実行し、次に make を実行し、オプションで make test を実行し、最後に make install を実行します。
2 番目の問題については、cppunit を依存関係にしたくないので、c++ アプリケーションと一緒に配布しないのはなぜですか? ソースコードと一緒に、使用しているアーカイブ形式(tar.gz、tar.bz2、または.zip)に正しく配置できますか。私は過去に cppunit を使用したことがあり、JUnit やその他の xUnit スタイルのフレームワークを使用して満足していました。