はい、絶対にできます。本物のネイティブ C++ が完全にサポートされています。
ただし、ほとんどの場合、新しい WinRT ライブラリを使用してユーザー インターフェイスまたはシステム コールを実行する必要があります。これらはネイティブ コードであり、C++ から直接完全に呼び出すことができますが、すべてが参照カウントであるため、実際にそうするのは非常に困難です。 COM オブジェクトに加えて、それらのインスタンスを作成するのは単に "new" を呼び出すほど簡単ではないため、多くの見苦しいコードを作成する必要があります。
以前の回答で述べたように、Microsoft はこれを支援する 2 つの方法を提供しています。1 つは C++ への言語拡張によるもので、もう 1 つは C++ テンプレート ライブラリです。個人的には、APIを呼び出すのと同じくらい簡単なことをするのはどちらもかなり醜いと思いますが、それは私だけです:)
しかし、あなたの質問に答えるために、実際のネイティブ C++ でアプリケーションを作成することは完全に可能です。何に対してもマネージ コードを使用する必要はまったくありません。しかし、API の呼び出しをより簡単にするために、言語拡張機能またはテンプレート ライブラリのいずれかを使用することをお勧めします。
個人的には、最も必要な機能をより使いやすい C++ ネイティブ ライブラリとして公開する WinRT のラッパーを誰かが作成し、代わりに誰もが C++ からそれを使用できるようになることを望んでいます...