database - ブラスト検索に時間がかかるようにする

Question

私はこのリンクを参照しています：http ：//www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK52637/ 、単一のマシンでブラスト検索を試してみてください。私はNCBIWebサイトからblastアプリとrefseq_rnablastデータベースをdlしました。ブラスト検索は、結果を取得するためにわずか数秒かかります。ブラストデータベースで一致する配列を検索するのにブラスト検索にもっと時間がかかるようにする方法はありますか？

Answer 1

BLAST はヒューリスティックであり、非常に高速になるように設計されています。また、NCBI インターフェイスの結果の一部は事前に計算されています。このプロセスに時間がかかる理由は想像できませんが、Smith-Waterman アラインメント アルゴリズムを実行してみてください。これにより、真に最適な一致が検出され、大規模なデータベースでは BLAST よりもはるかに長い時間がかかります。

Answer 2

速度を落としたい理由を教えていただけないでしょうか!?

しかし、価値があるのは、-W オプションを使用してワード サイズを小さくすることです。