透明なpng画像をロードし、それを使用して背景色を設定しようとするたびにsetimagebackgroundcolor()
透明になります
$input_img = new Imagick();
$input_img->setBackgroundColor("#ff0000");
$input_img->readImage("transparent.png");
$input_img->setimagebackgroundcolor("#00ff00");
$input_img->setImageFormat("png");
$input_img->setimagebackgroundcolor("#ff00ff");
$input_img->writeimage("image.png");