別の機能をトリガーするためにflexsliderafterイベントを使用していますが、flexsliderのafterイベントがiPadのフェードと組み合わせて機能しません。スライドをアニメーションとして使用すると問題は解決しますが、スライドの代わりにフェードする必要があります。
$('.flexslider').flexslider({
slideshow: true,
animation: "fade",
animationSpeed: 1000,
slideshowSpeed: 5000,
directionNav: false,
controlNav: false,
start: function(){animation()},
after: function(){animation()},
before: function(){}
});