r - R CMD BATCH デフォルトではない R のバージョンを選択

Question

デフォルトではないバージョンの R を使用してクラスターでジョブを実行する必要があります。普段使っている、

R CMD BATCH myfile.R myfileout

しかし、これは R のデフォルト バージョンを使用します。使用する必要がある別のバージョンの R のファイル パスがあり、それは次のようなクラスター上に既に存在します。

/file/path/R-x.y.z/

別のバージョンの R を使用してこのジョブを実行するにはどうすればよいですか?

Answer 1

実行可能ファイルへのパスを指定するだけです。

/file/path/R-x.y.z/bin/R CMD BATCH myfile.R myfileout

? （R実行可能ファイルの実際の場所を確認する必要があります...通常はRx.yzディレクトリ内のディレクトリ内にあると思いますが、確認していません）bin

Answer 2

上記の回答は私の大学のクラスター システムでは機能しませんでした。古いバージョンへのフル パスを使用していた場合でも、インストールされている最新のバージョンを使用し続けました。

代わりに次のようなものを実行することで、スクリプトを（少なくともコマンドラインで）実行することができました。

/share/apps/R-2.11.0/bin/R --vanilla "--args 1 2 3 herewego" < test.R > test.Rout

現在、新しいバージョン（3.1.2だと思います）ではなく、古いバージョン（2.11.0）を使用しています。

これが同じ問題を抱えている人に役立つことを願っています:-)