4

通常、gam() lm() などの lapack を使用するルーチンを使用して、R でさまざまな統計分析を実行しましたが、ライブラリを数回更新した後、次のエラーが表示されます。

library(mgcv)
This is mgcv 1.7-22. For overview type 'help("mgcv-package")'.
model <- with(chlaR,gam(ClorMAX ~ s(DegDay_NM)))
Error en eigen(St, symmetric = TRUE) : 
lapack routines  cannot be loaded
Además: Mensajes de aviso perdidos
In eigen(St, symmetric = TRUE) :
  unable to load shared object '/usr/lib/R/modules//lapack.so':
  /usr/lib/R/modules//lapack.so: undefined symbol: dpstrf_

バージョン情報は次のとおりです。

platform       i686-pc-linux-gnu            
arch           i686                         
os             linux-gnu                    
system         i686, linux-gnu              
status                                      
major          2                            
minor          15.2                         
year           2012                         
month          10                           
day            26                           
svn rev        61015                        
language       R

Ubuntu 12.04.1 LTS を使用しています

更新: lapack.so ライブラリを確認しました

leonardo@LyP:~$ ldd  /usr/lib/R/modules/lapack.so
linux-gate.so.1 =>  (0x009ec000)
libR.so => /usr/lib/libR.so (0x0023a000)
liblapack.so.3gf => /usr/lib/liblapack.so.3gf (0x00ba3000)
libblas.so.3gf => /usr/lib/libblas.so.3gf (0x00186000)
...

オブジェクトのチェック

leonardo@LyP:~$ R CMD objdump -T /usr/lib/liblapack.so.3gf|grep dpstrf
00327f10 g    DF .text  000024d4  Base        dpstrf_

しかし

R CMD ldd /usr/lib/R/modules/lapack.so
linux-gate.so.1 =>  (0x009f5000)
libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so (0x00110000)
liblapack.so.3gf => /usr/lib/R/lib/liblapack.so.3gf (0x009f6000)
libblas.so.3gf => /usr/lib/R/lib/libblas.so.3gf (0x11eef000)

R は別のライブラリにリンクし、オブジェクトを検索します。

leonardo@LyP:~$ R CMD objdump -T /usr/lib/R/lib/liblapack.so.3gf|grep dpstrf

空を与える

何か案は？

4

4 に答える 4

3

私は同じ問題を抱えていて、revolution-mklパッケージとの競合を追跡しました

sudo apt-get remove revolution-mkl

問題を修正しました

于 2012-12-10T15:11:01.523 に答える
2

シナプティクスを使用してRをアンインストールし、すべてのr-baseおよびr-cranパッケージにマークを付けて、次のコマンドで再インストールします。

sudo apt-get install r-base r-base-dev r-base-html

それだけです、すべてがうまくいきます。

すべてのコメント投稿者に感謝します！

于 2012-11-25T16:13:52.280 に答える
0

あなたのmgcvパッケージはどこから来ましたか？ソースとしてのCRAN？r-cran-mgcvMichaelによるDebianパッケージの再構築としてのCRAN ？

私のUbuntuボックスでは、CRANの標準Ubuntuリポジトリを使用して、すべてが順調です。

edd@max:~$ ldd /usr/lib/R/library/mgcv/libs/mgcv.so 
        linux-vdso.so.1 =>  (0x00007ffff43ff000)
        liblapack.so.3gf => /usr/lib/liblapack.so.3gf (0x00007f0374f75000)
        libblas.so.3gf => /usr/lib/libblas.so.3gf (0x00007f0373ad6000)
        libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f03737d9000)
        libR.so => /usr/lib/libR.so (0x00007f0373215000)
        libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f0372e56000)
        libgfortran.so.3 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgfortran.so.3 (0x00007f0372b3e000)
        libgcc_s.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libgcc_s.so.1 (0x00007f0372928000)
        libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f037270b000)
        libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f03724c8000)
        libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f037228b000)
        liblzma.so.5 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f0372069000)
        libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f0371e58000)
        libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f0371c41000)
        librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f0371a39000)
        libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f0371834000)
        libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f0371626000)
        /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x00007f0375de2000)
        libquadmath.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libquadmath.so.0 (0x00007f03713f0000)
        libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f03711c8000)
edd@max:~$

と

edd@max:~$ R

R version 2.15.2 (2012-10-26) -- "Trick or Treat"
Copyright (C) 2012 The R Foundation for Statistical Computing
ISBN 3-900051-07-0
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.

  Natural language support but running in an English locale

R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

R> library(mgcv)
This is mgcv 1.7-22. For overview type 'help("mgcv-package")'.
R>
于 2012-11-20T21:52:55.590 に答える