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I was trying to install python and its scientific libraries on a clean install of Mountain Lion, with Xcode and its command line tools.

I installed homebrew and, through it, a fresh python 2.7 as I didn't want to mess up with the one Apple provides. I also installed gfortran always via homebrew.

Then I install Numpy from its source, using the flag to build it using gfortran. I did this because if I pip install it then the scipy installation will fail.

With installed, I tested it through bumpy.test('full') and it says OK.

At this point I tried to install scipy, both using pip or from source. The result is the same, it installs but i get a HUGE number of failures and one error when I test it using scipy.test(). Any idea of how to fix this?

The reported error is

ERROR: test_logm_consistency (test_matfuncs.TestExpM)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_matfuncs.py", line 124, in test_logm_consistency
    assert_array_almost_equal(expm(logm(a)), a)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/matfuncs.py", line 453, in logm
    errest = norm(expm(F)-A,1) / norm(A,1)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/matfuncs.py", line 49, in expm
    A_L1 = norm(A,1)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/misc.py", line 12, in norm
    a = np.asarray_chkfinite(a)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/function_base.py", line 590, in asarray_chkfinite
    "array must not contain infs or NaNs")
ValueError: array must not contain infs or NaNs

The failures are instead related to boas, basic, dot, asum, nrm2, arpack.

Any idea of how to fix this?

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私のアドバイスは、 virtualenvで常に python コンピューティング環境をセットアップすることです (特に scipy や numpy などの細かいパッケージを使用する場合) 。virtualenv は、隔離された python 環境のセットアップと切り替えを可能にするツールです。これにより、ある環境でのインストールと変更が他の環境を台無しにすることはありません。

EDIT：virtualenvを使用するもう1つの理由は、すべてを台無しにしても、グローバルシステム構成を台無しにしておらず、virtualenvを削除して最初からやり直して修正できることです。また、 virtualenvwrapperもお勧めします。これは基本的に、virtualenv をより直感的で高速に使用できるようにする単なる砂糖です。

また、実際の質問に対処するには、OSX 10.8で正常にコンパイルするには、scipyの開発ブランチを使用する必要があると思います。ここの指示にほぼ正確に従いましたが、すべて正常に機能しました。

于 2012-11-29T00:36:15.963 に答える