これはYahooの問題です。
返される情報を見ると、get.hist.quote()
http経由でyahooにcsvを提供するように要求していることがわかります。同じURLをブラウザに簡単に貼り付けてcsvをダウンロードし、それらがRが取得している数値であることを確認できます。また、日付を変更すると、ROG.VX時系列ではデータが明らかに失われていることがわかりますが、比較時系列(IBM)ではそうではありません。
> rog <- get.hist.quote(instrument="ROG.VX", start="2010-06-10", end="2012-03-28",
+ provider="yahoo", drop=TRUE)
trying URL 'http://chart.yahoo.com/table.csv?s=ROG.VX&a=5&b=10&c=2010&d=2&e=28&f=2012&g=d&q=q&y=0&z=ROG.VX&x=.csv'
Content type 'text/csv' length unknown
opened URL
downloaded 6439 bytes
> ibm <- get.hist.quote(instrument="ibm", start="2010-06-10", end="2012-03-28",
+ provider="yahoo", drop=TRUE)
trying URL 'http://chart.yahoo.com/table.csv?s=ibm&a=5&b=10&c=2010&d=2&e=28&f=2012&g=d&q=q&y=0&z=ibm&x=.csv'
Content type 'text/csv' length unknown
opened URL
downloaded 24 Kb
> test<-merge(ibm,rog)
> plot(test)