2 つのポイント:
まず、参照が欠落している場合でも、プロジェクトはどのようにコンパイルされますか? それはあなたがそれらを本当に必要としないことを意味します! 必要のないものへの厳密に型指定された参照をどのように持つことができますか? 不要な参照を見逃したときに警告を求めていますか?
第二に、
あなたが何をしたいのかはまだはっきりしていませんが、ビルド前のステップを作成することで、あなたが望むことを達成できると思います。web.config ファイルの処理とチェックを行うには、小さな C# コンソール プログラムを作成する必要がある場合があります。
これは、ツールを使用して追加した場合に、Visual Studio がリソースまたはプロパティを表すクラスを生成する方法に似ています。たとえば、[プロジェクト] -> [プロパティ] の [リソース] タブに移動してリソースを作成すると、Visual Studio がクラスを含む Resources.Designer.cs ファイルを出力し、コード内で次のように参照できることがわかります。
Properties.Resources.MyTestResource
興味深いことに、生成されたコード内にこのコメントがあります
/// <summary>
/// A strongly-typed resource class, for looking up localized strings, etc.
/// </summary>
// This class was auto-generated by the StronglyTypedResourceBuilder
// class via a tool like ResGen or Visual Studio.
// To add or remove a member, edit your .ResX file then rerun ResGen
// with the /str option, or rebuild your VS project.
おそらく、クラスを生成するビルド前のステップを追加することで、プロジェクトで同様のことができるように思えますか?
StronglyTypedResourceBuilder クラスのリファレンス ページは次のとおりです。
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.resources.tools.stronglytypedresourcebuilder.aspx
適度に使いやすそうです。これはあなたのシナリオには当てはまらないかもしれませんが、例として使用しています。プロキシタイプなどを生成したいようです...