Androidアプリケーション（JNI + Java）がバックグラウンドに移行すると、Elixirモニターに基づくと、目に見える理由なしに40〜80％のCPUを使用します。Logcatには実際のアクティビティの表示はなく、DDMSメソッドプロファイラーはメソッド呼び出しを検出しません。
実際、数分後、OS（ISC）は少なくとも時々自動的に修正するように見えます。アプリケーションプロセスを再起動すると、期待どおりになります。CPUとメモリの0％を使用します。アプリを再度起動し、ホームキーを押してバックグラウンドに戻すと、同じCPUホギングが発生します。
何を調査できるか考えてみてください。