スペースのない長い文字列を k-mer に分割する Java での最善の方法は何だろうと思っています。基本的に、さまざまなサイズの k-mer を使用してテストし、元の文字列内の特定の k-mer の繰り返しの数と正確な位置を数えることを考えています。
私の質問は、do、sliding window へのアプローチに関連していますか? ハッシュマップ? あなたの意見では、そのタスクを実行する最良の方法は何ですか?
また、ここには、対処方法がわからない重複するk-merの概念があります。誰かが私に正しいアプローチを教えてくれれば、それは素晴らしいことです。
前もってありがとう