PyMolスクリプトを使用して、タンパク質内の特定の高度に保存された残基(スコアリングメカニズムによって計算され、テキストファイルにリストされている-各残基が1行に表示されている)を選択したかったのです。私が使用している以下のPyMolスクリプトが機能していません。誰かが私を助けてくれたら、私はあなたにとても感謝します。
スクリプトの一部は、個別に実行すると完全に正常に機能します-テキストファイルからリストをインポートせずに残差番号がスクリプトに記載されている場合のPymolスクリプトと、ファイルから配列に数値をロードするためのPythonスクリプトだけも実行時に正常に機能します別々に。しかし、以下の私のスクリプトのように組み合わせると、問題が発生します。テキストファイルからリストをインポートした後、iのように配列から残基番号を取得する必要がある場合です。どんな助けでも大歓迎です。ありがとう!
#!/usr/bin/python
from pymol import cmd
import string
cmd.load("/home/xyz/proteinA.pdb", 'protein')
f=open('/home/xyz/residuedata.txt','r')
array = []
filecontents = f.read().split()
for val in filecontents:
array.append(int(val))
f.close()
for i in array:
cmd.select("residuedata", "resi i")
cmd.show('sphere', "residuedata")
cmd.color ('red', "residuedata")