問題タブ [pymol]

タンパク質に対していくつかの計算を実行するスクリプトがあります。完了すると、メソッドはpymolモジュールをインポートし、pymol.cmdAPI を使用して PyMOL セッションで結果を表示します。このプロセスは、次のようなものです。

ただし、私のスクリプトは必ずしも結果を PyMOL で表示する必要はありません。これは、PyMOL がインストールされて実行されている場合にのみ実行したいと考えています。

PyMOL がインストールされているかどうかを確認するのは簡単ですが (単に実行できますtry: import pymol)、結果を表示するためのアクティブな PyMOL セッションがあるかどうかを確認する方法はありますか?

Python スクリプト (wxpython GUI) から現在の PyMOL セッションを呼び出し、PyMOL からいくつかのデータをロードして、いくつかのコマンドを PyMOL に送信しようとしています。現時点では、Python スクリプトで新しい PyMOL セッションを開くことができます。

しかし、実際には、PyMOL セッションが既に開かれているかどうかを python scrip で確認したいと思います。ここでこのトピックに対応する議論を見つけました: Only call function if PyMOL running この議論に続いて、PyMOL で「print」関数を呼び出そうとしました:

しかし、PyMOL cmd にテキストが表示されません。このステートメントの前に PyMOL パスを決定しようとしましたが、再び失敗しました。

Pythonスクリプトから現在のPyMOLセッションを呼び出す方法を知っている人はいますか?

Pymolでユーザーがユーザー定義の値で原子の色を設定できるかどうかを尋ねることはできますか？たとえば、すべての原子を生化学的特徴で着色したい場合、羽はRGB値と見なされます。たとえば、[RGB]は[feature1 feature2 features3]と等しいのですが、Pymolでこれを行うにはどうすればよいですか？

さらに、すでに原子に色を付けている場合、色の値を取得できますか？cmd.getcolor（）を使用しようとしましたが、返される値がRGBカラーとして認識されません。原子カラーを取得するために呼び出すことができる、Pymolの他の関数はありますか？

PyMolスクリプトを使用して、タンパク質内の特定の高度に保存された残基（スコアリングメカニズムによって計算され、テキストファイルにリストされている-各残基が1行に表示されている）を選択したかったのです。私が使用している以下のPyMolスクリプトが機能していません。誰かが私を助けてくれたら、私はあなたにとても感謝します。

スクリプトの一部は、個別に実行すると完全に正常に機能します-テキストファイルからリストをインポートせずに残差番号がスクリプトに記載されている場合のPymolスクリプトと、ファイルから配列に数値をロードするためのPythonスクリプトだけも実行時に正常に機能します別々に。しかし、以下の私のスクリプトのように組み合わせると、問題が発生します。テキストファイルからリストをインポートした後、iのように配列から残基番号を取得する必要がある場合です。どんな助けでも大歓迎です。ありがとう！

Python スクリプトの PyMOL メニューからウィザードの 1 つを呼び出したいと思います。私のスクリプトは、wx ライブラリを使用する python コードです。それが可能かどうか誰かが知っていますか？

wxpython で matplotlib を使用して連絡先マップを作成しました。今やりたいことは、pyMOL との「接続」を設定することです。プログラムを CM-View のようにしたいのですが、連絡先マップのポイントにカーソルを合わせると、PyMOL の 2 つの連絡先が線で表示されます。また、pyMOL に 1 つのチェーンのみを選択するように指示することもできます。したがって、基本的には、GUI から pyMOL にデータを送信して、連絡先にカーソルを合わせたり、pyMOL に何かをするように指示したりしたいと考えています。

私は PyMOL 分子ビューアをより大きなプログラムのサブセットとして使用しており、読みやすくするためにファイルを次のように分割しています...

プログラムを複数回起動するため、他のファイルの先頭に「import pymol」を追加することはできません。1 つの .py ファイルを使用するだけでこれを解決できますが、ソース ファイルが非常に大きくなります。

私は PyMOL メーリング リストで誰も興味を持っていませんでした。そうでない場合、コードを分割するより良い方法はありますか? 私は C++ のヘッダー ファイルに甘んじることに慣れており、Python プロジェクトのアーキテクチャを適切に処理するのは少し難しいです。

編集: さまざまなケースで、このように複数のファイルとダミーのコンパイル クラスで複数の継承を使用することは、複雑な方法で Python プロジェクトを構築するための良い方法ですか?

現在、Pythonで .pdb (タンパク質データ バンク) ファイルを操作しています。私の最終目標は、Python スクリプトを pdb ファイルに戻して、VMD または PyMol でシミュレーションを実行できるようにすることです。