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これはばかげた質問かもしれませんが、答えを探すのに長い時間を費やしましたが、答えが見つからないようです. 何を検索すればよいかを知ることさえ難しいので、これがあなたが知っている別の場所で回答されている場合は、リンクが必要です.

でも。vegan パッケージを使用して R で単純な CA を実行しようとしていますが、正常に動作します。ただし、実際には 135 あるのに、生成したプロットには 60 の「サイト」しか表示されません。すべてのオブジェクトを表示できる必要があります。私のコードは以下です

library(vegan)
CPUE.matrix <- read.csv("CPUE_Matrix_CA.csv", header=TRUE, row.names=1)
cpue.ca <- cca(CPUE.matrix)
plot(cpue.ca, type="n")
points(cpue.ca, display = "sites", cex = 1.3,  bg=labels, pch=20, col="red")
text(cpue.ca, display = "spec", cex=0.9, col="black")

私のデータがどのように見えるかを理解するには：

head(CPUE.matrix)

       Black.Rockfish Brown.Rockfish Copper.Rockfish Pacific.Cod
1974_G57       0.000000      0.0000000       0.4731183        0.00
1974_H66       0.000000      1.6666667       2.0000000        0.00
1974_H67       0.000000      0.0000000       0.0000000        0.00
1974_H78       2.726236      0.0000000       2.6171869        0.00
1974_H79       0.000000      0.5660377       0.0000000        0.00
1974_H80       0.000000      0.1600000       0.0000000        0.08
         Quillback.Rockfish
1974_G57          0.5677419
1974_H66          0.6666667
1974_H67          0.6037736

データは、5 種の魚、135 の場所、およびセル内の各場所での各種の単位努力当たりの漁獲量です。プロットすると、十分な位置がプロットに表示されません。

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質問を締めくくるために: コメント スレッドのように、多くのサイトが互いに重複していることが判明しました。他の SO の質問で述べたように、これをより明確にする 1 つの方法は、部分的な透過性でプロットすることです。このように、重なっているアイテムは単一のアイテムよりも暗く表示されます。たとえば、R: ポイントが多すぎる散布図を参照してください。

于 2012-12-21T12:44:04.980 に答える