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行列を考えると、

各列の各行の絶対平均差を含む距離行列を作成したいと考えています。たとえば、次の場合、 と の間の距離はX1= X31.67 になります。

abs(1 - 3) + abs(2-4) + abs(3-4) + abs(4-5) + abs(2-3) + abs(5-2) = 10 / 6 = 1.67

designdist()この方法でビーガンパッケージの関数を使用してみました：

列 1 と 3 の結果の距離は 0.666 です。この関数の問題は、各列のすべての値を合計してから減算することです。しかし、各行の絶対差 (個別、絶対) を合計し、それを N で割る必要があります。

で PCA を作成してvegan{}おり、(のデフォルトのように一意の行 ID ではなく) 要因によってポイントにラベルを付けたいと考えていますbiplot.rda()。私の 2D PCA では、ここで Gavin Simpson が提案した方法を使用しました。カスタム ラベルの付いた PCA を作成するためのこの方法の 3D バージョンがあるかどうか、賢明な R コミュニティに尋ねたいと思います。2D PCA で機能する方法は次のとおりです。

私は自分のコンピューターの 1 つを使用してこれをordirgl()行いましたが、rgl でうまく動作しない R バージョン/OS の組み合わせがいくつかあるため (これは多くの人にとって問題のようです)、作成できるようにしたいと考えています。と の両方rgl()のプロットordiplot3d()

これは、biplot.rda のベクトルではなく、3D 空間にポイントをプロットします (最初の問題 - rgl を使用するときにもこの問題が発生します - これらのポイントは、通常のbiplot.rda()PCA でプロットされるベクトルの端であると思います)。これは私にとってそれほど重要ではありませんが、これらのベクトルを ordirgl で描画してラベルを付ける方法を誰かが知っている場合は、知りたいです. より大きな問題は、作成した ordiplot3d にポイントを追加するのに苦労していることです。理想的には、これは次のようになりますpoints()。これはいくつかの異なる質問スレッドで見たことがありますが、rgl を必要としないエレガントなソリューションがあればいいのにと思います。

Rのパッケージを使用して Gower 類似度インデックスの重心をプロットしましたvegan{}。元のデータセットの要因に基づいて楕円の塗りつぶしを色分けしたいと考えています。重心は月とサイトの組み合わせ用です (これらは私がプロットしたい唯一の重心です。以下のデータ サンプルを参照してください) が、楕円を月ごとに色分けし、次に 2 番目のプロットでサイトごとに色分けして違いを示したいと考えています。要因の間。現時点では、コードは次のようになります。

重心を持つ MDS プロットは次のようになります。

a) サイトと b) 季節 (5 月と 9 月) に基づいて重心の塗りつぶしを色分けできるようにしたいと考えています。使用してみcol=c("#0000ff22","#CAFF7022",...)ましたが、楕円の座標が にあるため、これは機能しませんord。私も試してみました

ceentroids の前半を 1 つの色 (前半はすべて同じ月のもの) にするには、「cov.wt(X, W) のエラー: 'x' には有限値のみを含める必要があります」というエラーが発生します." ヘルプ！ありがとう。

データは次のようになります。

デンドログラムを特定のレベルの類似性で切り取って生成されたクラスターを、順序付け結果 (NMDS) にオーバーレイする必要があります。私は、この問題に対する明らかな解決策を見つけることなく、ade4 とビーガンを調べてきました。

現在、Primer-e を使用しています (下のスクリーン ショットを参照) が、グラフィックが少し制限されていることがわかりました。正しい方向のポイントは大歓迎です。

ordihull で使用される境界線の太さを変更するにはどうすればよいですか?

R の次のセッションで使用するために MDS オブジェクトを保存するにはどうすればよいですか? metaMDS() 関数はいくつかのランダムな再起動を使用するため、毎回わずかに異なる結果が生成されます。R の複数のセッションで一貫した出力が必要です。どうすればこれを達成できますか? ありがとうございました

私が参照しているオーディネーション オブジェクトのタイプの例:

veganパッケージからCA分析を実行しようとしています。

これは私が使用するコードです：

しかし、その後、私は常にエラーが発生します：

rowSums（X）のエラー：'x'は数値である必要があります

ラベルが要因であり、最初の列を削除すると分析が機能することを知っています。しかし、分析によって独自のラベルが作成され、私は自分のラベルを使用できません。自分のラベル（plotA、plotBなど）を含める方法はありますか？

ggplot2 でこのようなプロットを作成できますか?

基本的に、ボックスプロットの下にラベル付きの敷物をプロットする方法を探しています。

ヒントや提案はありますか？

通常のプロット関数の代わりに、ggplot2NMDS プロットを作成するために使用しています。パッケージの関数ordiellipse()を使用して、NMDS プロットにグループを表示したいと思います。vegan

サンプルデータ:

で作成した NMDS プロットに ordellipse を追加するにはどうすればよいggplot2ですか?

以下のDidzis Elfertsの答えはうまくいきます。ありがとうございました！ただし、次の ordiellipse を で作成された NMDS プロットにプロットすることに興味がありますggplot2。

ordiellipse(sol, MyMeta$amt, display = "sites", kind = "se", conf = 0.95, label = T)

残念ながら、関数がどのようにveganCovEllipse機能するかについて十分に理解していないため、自分でスクリプトを調整することができません。

これはばかげた質問かもしれませんが、答えを探すのに長い時間を費やしましたが、答えが見つからないようです. 何を検索すればよいかを知ることさえ難しいので、これがあなたが知っている別の場所で回答されている場合は、リンクが必要です.

でも。vegan パッケージを使用して R で単純な CA を実行しようとしていますが、正常に動作します。ただし、実際には 135 あるのに、生成したプロットには 60 の「サイト」しか表示されません。すべてのオブジェクトを表示できる必要があります。私のコードは以下です

私のデータがどのように見えるかを理解するには：

データは、5 種の魚、135 の場所、およびセル内の各場所での各種の単位努力当たりの漁獲量です。プロットすると、十分な位置がプロットに表示されません。