Windows コマンド プロンプトから Java コマンド ライン プログラムを実行して、BioPortal (http://bioportal.bioontology.org) からオントロジー ファイルを抽出および生成しようとしています。クラスが見つからないようですが、私の CLASSPATH パラメータの構文が間違っている可能性があります。セットアップのリファレンス (NCBO ユーザー ガイドと NCBO 抽出ツールの zip ファイル) は、私の質問の下部にあります。手順は Linux の構文に基づいていますが、私はこれを Windows で実行しています。
Linux コマンド (ユーザー ガイドから):
java -classpath endorsed_lib/*:genlib/i2b2Common-core.jar:lib/commons/*:lib/log4j/*:lib/jdbc/*:lib/spring/*:* edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll -ont {5 digit ontology id} -apikey {API key from http://bioportal.bioontology.org/account} -outputFileName {output file path}
Linux の -classpath パラメーターには、次のものが含まれます。
endorsed_lib/*
genlib/i2b2Common-core.jar or genlib/* (only 1 jar file)
lib/commons/*
lib/log4j/*
lib/jdbc/*
lib/spring/*
*
Windows コマンド (動作しません):
java -cp ".\endorsed_lib;.\genlib;.\lib\commons;.\lib\jdbc;.\lib\log4j;.\lib\spring;." edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll -ont 47178 -apikey 68775b88-c12f-472c-9192-71f9b282309c -outputFileName 47178_stagingFile.txt
Windows コマンド プロンプトからのエラー:
Error: Could not find or load main class edu.harvard.i2b2.ncbo.extraction.NCBOOntologyExtractAll
Windows の -cp (CLASSPATH) パラメータには、次のパスが含まれます。
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\;
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\;
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ガイド：
説明は 16 ページ中 8 ページから始まります。私は 9 ページにいます。
ユーザー ガイドでは、NCBO ユーティリティを参照しています。ここからダウンロードできます：
https://www.i2b2.org/software/download.html?d=310
「ファイルのダウンロード」というラベルの付いた青いハイパーリンクをクリックするか、下のリンク (2013 年 1 月 4 日現在のリンク) をクリックし、「同意する」をクリックします。ファイル (NCBOExtractionTools_1.1.zip) をローカル マシンに保存します。zip ファイルを抽出します。
以下は、i2b2 NCBO ユーティリティから抽出されたファイルのリストです。使用可能な jar ファイルを確認できます。
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\ExtractionApplicationContext.xml
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\FileList.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\hierarchy.log
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\i2b2_license_2.1-1159.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\log4j.properties
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\NCBOExtraction_1.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\STAGING_FILES
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\jaxb-api.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\jaxb-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\stax-api-1.0.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\stax-api-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\wstx-asl-3.0.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\endorsed_lib\wstx-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\genlib\i2b2Common-core.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\apache-2.0license.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-codec-1.3.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-collections-2.1.1.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-dbcp-1.2.2.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-exec-1.0.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-httpclient-3.0.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-logging-1.0.4.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\commons\commons-pool-1.3.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\ojdbc14.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005\sqljdbc.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver2005\sqlserver_licence.rtf
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS\jtds-1.2.2.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\jdbc\sqlserver_jTDS\LICENSE
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\log4j-1.2.8.jar
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\log4j\log4j-LICENSE.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\apachelicence-2.0.txt
\NCBOExtractionTools_1.1\Release_1_1\lib\spring\spring-2.0.jar