問題タブ [i2b2]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
javascript - このJavaScriptはどういう意味ですか?
私はレガシーアプリケーションに取り組んでいますが、すべてのJSは私には不思議に思えます。
これが何よりも先にロードされるいくつかの不思議な行であり、私はそれらが何をしているのか分かりません。
他にも多くのvar
ステートメントif
がありますが、それらは異なる変数で同じことを行っています。
この謎を解くのを手伝ってください。
java - 「ant」コマンドを使用して XML ファイルから *.sql ファイルを順番に実行します (SQL Server 2008 Express で i2b2 オントロジー データベースを構築します)?
以下は、一連のテーブルを作成し、特定のデータベースのデータをロードする i2b2 データベース セットアップ チュートリアルのコマンドです。以前は、SQL Server Management Studio (SSMS) で *.sql コマンドを手動で (新しいクエリ ウィンドウで) 実行しただけでした。これは Java から実行する必要がありますか、それともどこかのコマンド プロンプトから直接実行できますか? もしそうなら、必要な手順を手伝ってもらえますか?(つまり、サードパーティのアセンブリを参照する必要がありますか、データベース接続文字列を構成する必要があると思います..)
「ant」(StackOverflow タグ)にカーソルを合わせると、Java ツールのように見えます。
「Apache Ant (以前の Jakarta Ant) は、Java プロジェクト用の宣言型の XML ベースのビルド ツールです。javac を使用したコンパイル、アーカイブのビルド、テストの実行など、最も一般的なビルド操作を実行するための標準タスクの豊富なセットを提供します。Ant の機能カスタム タスクとマクロを使用して拡張できます。」
これを Windows のコマンド プロンプトから実行しようとしましたが、エラーが発生しました。
実際の *.sql ファイルが XML ファイルにリストされているのを確認しました。これらのファイルは特定の方法で並べられているため、関連する (主キーを含む) データが最初にロードされ、ブリッジ/親/所有者/base テーブル (外部キーを含む) は、関連付けられたテーブルに依存しているため、最後に実行されます。他のすべてが失敗した場合は、リストされている順序で SSMS からこれらのコマンドを直接実行することもできますが、この「ant」コマンドを試してみたいと思っています。
セットアップ手順:
「i2b2createdb-1602.zip」をダウンロードして解凍します。
「i2b2core-doc-1602.zip」をダウンロードして解凍します (インストール手順については、これらの PDF ドキュメントを使用してください)。
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XML ファイル内で定義されている変数を定義する必要があるようです。
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2012 年 5 月 6 日午前 6 時 52 分更新:
SQL Server Management Studio のセットアップ:
- SQL Server Management Studio > 「i2b2_demo」という名前の新しいデータベースを作成
Oracle JDK をインストールします。
Apache Ant をインストールします。
- http://ant.apache.org/でバイナリ ファイルをダウンロードします。
- インストール手順については、次のパスに移動してください: マニュアル > Apache Ant のインストール > Ant の取得 > ..follow instructions
- 抽出したフォルダー (bin フォルダーを含む) を
C:\source_code\apache-ant-1.8.3\
%ANT_HOME% 環境変数で使用されるディレクトリまたはディレクトリ内に移動します。
Java および Ant 用の Windows 7 環境変数のセットアップ:
Windows 7 > コントロール パネル > システム > [環境変数] ボタンをクリック >
(末尾の「\」を忘れないでください) *[ MacGyver 2012 年 5 月 6 日 @2:45pm - これを無視してください...末尾の「\」文字を削除してください...質問の下の私のコメントを参照してください]
[システム変数] セクションで、[追加] > [変数名] をクリックします:JAVA_HOME
変数値:C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_02\
[システム変数] セクションで、[追加] > [変数名] をクリックします:ANT_HOME
変数値:C:\source_code\apache-ant-1.8.3\
[システム変数] セクションで、[パス] 環境変数をクリックし、[編集] > [変数名] をクリックします:Path
変数値:{value before editing};%JAVA_HOME%\bin;%ANT_HOME%\bin;
コマンド プロンプトを再起動します (管理者として実行)
C:\source_code\i2b2\i2b2createdb-1602\edu.harvard.i2b2.data\Release_1-6\NewInstall\{folder}\db.properties
各ファイルを適切な値に置き換えます。交換 "?" 正しい値で。
「db.properties」ファイル:
このエラーの取得:
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2012 年 5 月 6 日午前 7 時 33 分に更新 ... このページにそのエラーが見つかりました ...
Ant のインストール:
これをクリックしてください: http://ant.apache.org/manual/index.html
また...
http://ant.apache.org/に移動> マニュアル > Apache Ant のインストール > Ant のインストール >
......その後、コマンドのパラメーターを見逃していることに気付きました..それでも失敗します!
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2012 年 5 月 6 日 13:33 更新
このスニペットを読んで、2 つの環境変数 (ANT_HOME と JAVA_HOME) の末尾に「\」を付けたことに気付きました。あなたにはそれができないと思います。私の悪い。
Windows 注:
「ant.bat スクリプトは、ANT_HOME、CLASSPATH、および JAVA_HOME の 3 つの環境変数を使用します。ANT_HOME および JAVA_HOME 変数が設定されていること、およびそれらに引用符 (' または ") が含まれていないこと、および \ またはで終わっていないことを確認してください。 /。CLASSPATH は設定されていないか空である必要があります。」
- 環境変数を変更したため、Windows の「cmd」ウィンドウを再度開く必要がありました。
以前の方がうまくいったようです。以下ではあまり機能していないことに注意してください。それはまだ失敗しています。または、前回の実行時にそれらが見つかったため、それらを必要としない可能性があります。
sql - テキストパッドの正規表現:3文字のグループを5つの新しい行に置き換えます
このツールを使用してSQLコードを美化したい。このツールがそれを受け入れる前に、置換機能を使用して、TextPadの「<*>」(二重引用符を除く)の各インスタンスを「\ n \ n \ n \ n \ n」(5つの新しい行)に置き換えたいと思います。正規表現。これどうやってするの?
java - プロジェクトに Java クラスパス フォルダーがありませんが、プロジェクトの Windows ディレクトリ構造に存在します
アプリケーション サーバーの Java ソース コードを i2b2.org サイトからダウンロードし、展開用にコンパイルしました。このアプリケーションは JBoss 上で実行されます。Eclipse で切り替えたワークスペースには 8 つのプロジェクト フォルダーがあります (これらの 8 つのプロジェクトが存在するルート ディレクトリ)。いくつかのエラーが発生しました。
他の誰かが同じ問題に遭遇したようです:
https://www.i2b2.org/software/augrepo.html
コンパイル時のエラーの完全なリストは次のとおりです。
ここに1つあります:
Project 'edu.harvard.i2b2.common' is missing required source folder: 'gensrc'
「edu.harvard.i2b2.common」プロジェクトを右クリックして「ビルド パス」を選択し、「ビルド パスの構成」を選択して「ソース」タブに移動すると、フォルダーが見つからないことがわかります。
Windows では、フォルダーが存在することがわかります。私の CLASSPATH はフォルダーを想定しているように見えますが、プロジェクトには含まれていません。Eclipseでこれを修正する適切な方法は何ですか?
java - Windows コマンド プロンプトから Java プログラム (NCBO Extraction Tool) を実行しても機能しない ... ユーザー ガイドでは Linux 構文を使用しています
Windows コマンド プロンプトから Java コマンド ライン プログラムを実行して、BioPortal (http://bioportal.bioontology.org) からオントロジー ファイルを抽出および生成しようとしています。クラスが見つからないようですが、私の CLASSPATH パラメータの構文が間違っている可能性があります。セットアップのリファレンス (NCBO ユーザー ガイドと NCBO 抽出ツールの zip ファイル) は、私の質問の下部にあります。手順は Linux の構文に基づいていますが、私はこれを Windows で実行しています。
Linux コマンド (ユーザー ガイドから):
Linux の -classpath パラメーターには、次のものが含まれます。
Windows コマンド (動作しません):
Windows コマンド プロンプトからのエラー:
Windows の -cp (CLASSPATH) パラメータには、次のパスが含まれます。
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ガイド:
説明は 16 ページ中 8 ページから始まります。私は 9 ページにいます。
ユーザー ガイドでは、NCBO ユーティリティを参照しています。ここからダウンロードできます:
https://www.i2b2.org/software/download.html?d=310
「ファイルのダウンロード」というラベルの付いた青いハイパーリンクをクリックするか、下のリンク (2013 年 1 月 4 日現在のリンク) をクリックし、「同意する」をクリックします。ファイル (NCBOExtractionTools_1.1.zip) をローカル マシンに保存します。zip ファイルを抽出します。
以下は、i2b2 NCBO ユーティリティから抽出されたファイルのリストです。使用可能な jar ファイルを確認できます。
java - JBoss 上の同じアプリケーションの 2 つのインスタンスが次の例外をスローします: java.lang.Exception: Port 8083 already in use
Windows Server 2008 ボックスで、同じアプリケーションの 2 つのインスタンスを実行しようとしています。このアプリケーション (i2b2) は、Apache Axis 2 Web サービスを使用しています。JAX-WS Web サービスはポート 9090 で実行され、ポート 8083 で JBoss のアプリケーション ソース コードを呼び出しています。混乱を避けるために、アプリケーション コードの完全なコピー (Apache Axis 2 で抽出された war ファイルを含む) を作成しました。 {jboss フォルダー}\server\default\deploy\jboss-webdeployer\server.xml で、2 番目のインスタンスの Web サービスのポート接続を 9090 から 9091 に変更しました。
私はこれについて間違った方法で行っているかもしれません。異なるポートで実行することにはあまり関心がありません。必要なのは 2 つのインスタンスだけです。したがって、アプリケーションのコンパイル済みソース コードのコピーを作成し、ポートを切り替えることが最善の方法ではない場合は、別のアイデアがあれば教えてください。
JBoss bin フォルダーからこのコマンドを使用して JBoss を起動すると、以下の例外が発生します。ポート 8083 が参照されていることがわかった場所の詳細を参照してください。
例外:
ここで、ポート 8083 が参照されていることがわかりました。ポート 8084 に変更してみましたが、まだポート 8083 を探しているようです。
jboss-service.xml のソース コード:
編集 @ 2013 年 3 月 18 日の午後 4 時 20 分:
このポートを 8084 に更新しました。
ソースコード:
そして今、私はこの例外を受け取ります:
編集 2013 年 3 月 18 日の午後 6 時 35 分:
これらは最高の指示でした。 http://darrellgrainer.blogspot.com/2010/02/ching-ports-in-jboss.html ...
-->
朗報です... XMLタグの前に移動することで、xmlファイルのJBoss port-01セクションのコメントアウトを解除できました。次に、jboss\default\ フォルダーのコピーを作成し、名前を変更しましたdefault-qa
。したがって、JBoss の 2 番目のインスタンスはポート 8183 を使用する必要があります。フォルダーの port-default は、デフォルトでdefault
引き続きポート 8083 にバインドされます。そして、jboss bin フォルダーからこれを実行することで、JBoss の 2 番目のインスタンスを正常に起動しましたrun -b 0.0.0.0 -c default-qa > debug-qa.txt
。それはうまくいきました。
悪いニュース... アプリケーション コードには ${jboss.home}/server/default/deploy/ がハード コーディングされており、Spring Web Framework の *.properties ファイルで Apache Axis 2 ポートがどこでも 9090 に設定されています。JBoss の 2 番目のインスタンスは Apache Axis 9091 に依存しているため、ソース コードの別のコピーを作成し、ポート 9091 を使用する必要があると考えています。2 番目のインスタンスでは同じフォルダー構造を維持し、ルート フォルダーを移動します。何処か別の場所。その後、再コンパイルします。
sql-server - SQL Server で重複をすばやく見つける方法
SQL Server で重複を見つけるより良い方法を見つけようとしています。これは、SSMS 内の結果ウィンドウに結果が表示されるまでに、3 億件を超えるレコードで実行するのに 20 分以上かかりました。クラッシュするまでにさらに 22 分が経過しました。
次に、16,777,216 レコードを表示した後、SSMS はこのエラーをスローしました。
スキーマ:
i2b2 - i2b2 での PM インストール手順の検証が機能しない
ここにある PM インストールのドキュメントの第 5 章に記載されているすべての手順に従いました。現在、手順5.7 PM インストール手順の確認に進んでいます。ドキュメントに記載されているように次の URL を実行するとhttp://localhost:9090/i2b2/services/listServices
、空白のページが表示されます。基本的には、クロムの開発者ツール コンソール ウィンドウで見た 404 Not Found メッセージです。Web サービスが実行されていない理由がわかりません。localhost:9990
最終的に URL にリダイレクトされるURL を使用すると、JBoss が実行されていることがわかりますhttp://localhost:9990/error/index_win.html
。
次のコマンドは、ビルドが成功し、展開ステップ 5.5まですべてがうまくいったことを示しています。
トラブルシューティングの手順を教えてください。