R でコマンド hclust を使用してデンドログラムをプロットすると、高さというラベルの付いた y 軸が得られます。ただし、下の画像のように、この軸にデータセット内のグループ間の類似性レベルをラベル付けしたいと思います。どうすればこれを達成できますか？
最小限の例を次に示します。
set.seed(1)
x = matrix(rnorm(1000), ncol=100)
d = dist(x, method="euclidean")
plot(hclust(d, method="complete"))
あなたの例から始めますが、クラスターの結果をhcとして保存します。
set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(1000), ncol=100)
d <- dist(x, method="euclidean")
hc <- hclust(d, method="complete")
hc$height
[1] 12.79157 13.05586 13.51490 13.54069 14.32658 14.45824 15.70899 16.44131
[9] 17.12514
距離は12.8から17.1の範囲です。簡単にするために、類似度として18-dを使用します。
plot(hc, hang=-1, ylab="Similarity", axes=FALSE)
axis(2, seq(0, 18, by=2), seq(18, 0, by=-2))
