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networkxを使用してdiGraphオブジェクトを作成し、ノードとエッジ（いくつかの特性を含む）を入力してから、Gephiで視覚化するgefxファイルを作成しています。

import networkx as nx
dg = nx.DiGraph()
dg.add_node(attribute1, 2, etc...)
dg.add_edge(attribute1, 2, etc...)
nx.write_gexf("output.gexf")

このプロセスは完全に機能します。次に、ノードに場所を割り当てる必要があります。networkxがなんとかしてそれを実行できることを確認しました（http://networkx.github.com/documentation/latest/examples/drawing/house_with_colors.html）。また、gexfファイル用のvizタグがあることも知っています（http：// gexf .net / format / viz.html）。ノード名とその座標が記載された辞書があります。これらすべてをまとめるアイデアはありますか？

これまでの私のオプションは、すでに生成されたgexfファイルを読み取り、ノードを探してviz:positionタグを作成することです。

ただし、あまり効果的ではないので、ノードを追加するときにどういうわけか直接やりたいと思います。

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ノードデータは、各ノードのPythonディクショナリとして利用できます。これは、GEXFノードのデータがどのように保存および操作されるかを示す例です。

In [1]: import sys

In [2]: import urllib2

In [3]: import networkx as nx

In [4]: data = urllib2.urlopen('http://gexf.net/data/viz.gexf')

In [5]: G = nx.read_gexf(data)

In [6]: print G.node['a']
{'viz': {'color': {'a': 0.6, 'r': 239, 'b': 66, 'g': 173}, 'position': {'y': 40.109245, 'x': 15.783598, 'z': 0.0}, 'size': 2.0375757}, 'label': 'glossy'}

In [7]: G.node['a']['viz']['position']['x']=10

In [8]: G.node['a']['viz']['position']['y']=20

In [9]: print G.node['a']
{'viz': {'color': {'a': 0.6, 'r': 239, 'b': 66, 'g': 173}, 'position': {'y': 20, 'x': 10, 'z': 0.0}, 'size': 2.0375757}, 'label': 'glossy'}

In [10]: nx.write_gexf(G,sys.stdout)
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><gexf xmlns:ns0="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" version="1.1" xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
  <graph defaultedgetype="undirected" mode="static">
    <nodes>
      <node id="a" label="glossy">
        <ns0:color b="66" g="173" r="239" />
        <ns0:size value="2.0375757" />
        <ns0:position x="10" y="20" z="0.0" />
      </node>
    </nodes>
    <edges />
  </graph>
</gexf>
于 2013-01-21T17:53:36.173 に答える