Mupdf ドキュメントには、ライブラリをアプリケーションとして使用して展開する方法が示されています。ただし、それを既存の Java プロジェクトに吸い込み、その上にアプリケーションを構築したいと考えています。これはできますか？もしそうなら、どうすれば必要な部分だけをプロジェクトに持ち込むことができますか?
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jMuPdfを見てください。使ったことはありませんが、活躍しそうです。
それ以外の場合は、Java ネイティブ バインディング (JNA または JNI) を作成する必要があります。