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Bio.Entrez を使用してタンパク質を検索する際に問題が発生しています。私はこれをやっています：

>>> handle=Entrez.esearch(db="protein", term="insulin AND homo")
>>> record=Entrez.read(handle)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/__init__.py", line 351, in read
    record = handler.read(handle)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py", line 169, in read
    self.parser.ParseFile(handle)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py", line 307, in endElementHandler
    raise RuntimeError(value)
RuntimeError: Search Backend failed: Database is not supported: protein

einfo() にも問題があります。これを確認してください。

>>> handler=Entrez.einfo(db="protein")
>>> record=Entrez.read(handler)
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/__init__.py", line 351, in read
    record = handler.read(handle)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py", line 169, in read
    self.parser.ParseFile(handle)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/Bio/Entrez/Parser.py", line 285, in startElementHandler
    raise ValidationError(name)
Bio.Entrez.Parser.ValidationError: Failed to find tag 'Build' in the DTD. To skip all tags that are not represented in the DTD, please call Bio.Entrez.read or Bio.Entrez.parse with validate=False.

タンパク質データベースがサポートされていないのはなぜですか? 誰かがこの問題で私を助けることができますか?

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また、Biopython メーリング リストで取り上げられ、現在も機能しているようです: http://lists.open-bio.org/pipermail/biopython/2013-January/008306.html

これは NCBI における一時的な問題であったと考えています。

于 2013-01-27T20:54:16.840 に答える